Šokolaadimuffinid on küpsetised, mis on ehitatud ühe või mitme šokolaadisordi ümber. Need muffinid, nagu ka muud tüüpi muffinid, on sisuliselt väikesed koogid ja on tavaliselt pigem magusad kui soolased. Selliseid muffineid võib maitsestada ainult šokolaadiga, kuid paljud sisaldavad ka muid koostisosi, et täiendada muffinis kasutatud teatud tüüpi või tüüpi šokolaadi maitseid.
Tüüpiline muffiniretsept annab pehme ja niiske küpsetise. Muffineid küpsetatakse tavaliselt spetsiaalsetes muffinipannides. Mõningaid küpsetatakse kleepumise vältimiseks paberist ümbristega, teised aga kasutavad sama funktsiooni täitmiseks kerget õlikatet.
Üks šokolaadimuffinitüüp kasutab šokolaadi maitse lisamiseks töödeldud kakaod. See töödeldud kakao segatakse tavaliselt muffinite küpsetamiseks kasutatava taignaga. Sel viisil valmistatud šokolaadimuffinid kasutavad sageli täiendavat suhkrut või muid magusaineid, et neutraliseerida kakaopulbri mõnevõrra mõrkjat maitset. Taignas šokolaadipulbriga küpsetatud muffinitel on šokolaadi maitse ning rikkalik ja šokolaadine välimus.
Teist sorti šokolaadimuffineid valmistatakse tavalise muffinitaignaga, kuid kasutatakse šokolaadi, tavaliselt piimašokolaadi või tumedat šokolaadi, laastude, laastude või tükkidena. See šokolaad sulab küpsemise käigus ja šokolaad tõmbab mingil määral ülejäänud muffini sisse. Mõned šokolaadimuffinid ühendavad taignas oleva kakao šokolaaditükkide või -laastudega, et saada topeltannus šokolaadi.
Paljud maitsed segunevad hästi šokolaadiga ja šokolaadimuffinid kasutavad sageli muid koostisosi, et lisada muid maitsenoote. Marjad segunevad sageli šokolaadiga hästi ning vaarika- või jõhvikašokolaadimuffinid on sageli eriti edukad. Apelsinid ja šokolaad kipuvad samuti hästi kokku sobima ning suhkrustatud apelsine võib lisada šokolaadimagustoidu muffinitele, et lisada veel üks maitseelement.
Teine võimalus šokolaadimuffinitele muude maitsete lisamiseks on likööride või maitsesiirupite kasutamine. Muffinitaignale võib lisada koorelikööre, kohvilikööre või apelsinilikööre, et valmistada šokolaadimuffineid, mis on infundeeritud šokolaadi maitsega ja konkreetse likööri maitsega. Šokolaadilikööri saab kasutada ka muffini šokolaadi maitse andmiseks. Mõnel juhul võib šokolaadimuffinitele pärast küpsetamist lisada likööri, mis võimaldab muffini poorsel struktuuril osa likööri niiskusest ja maitsest endasse imada.