Marjasegumuffinid sisaldavad tavaliselt erinevat tüüpi marjade segu, nagu nende nimigi ütleb. Mustikad, vaarikad ja kirsid on ühed populaarseimad valikud, kuid mõnes segus on ka maasikad, sõstrad, jõhvikad ja murakad. Nende muffinite tainas on tavaliselt vanilje, kuid see võib olenevalt pagari maitsest erineda. Mõned segamarjamuffinid võivad sisaldada ka erinevaid pähkleid ja isegi šokolaaditükke.
Erinevat tüüpi marjade arv marjasegumuffinites on pagariti erinev, kuid tavaline arv on kolm. Selline marjasortide kogus annab muffinitele tavaliselt sügava ja mitmetahulise maitse, ilma et see suulagi ületaks. Kui proovite nendesse magusatesse maiustesse lisada rohkem kui kolme tüüpi marju, võib maitse muutuda segaseks või üle jõu käivaks.
Valides, milliseid marju marjade segamuffinite sisse panna, tuleks üldiselt lähtuda hooajast ja marjade maitsetest. Näiteks võib suvine muffin sisaldada maasikaid, mustikaid ja vaarikaid. Sügis- või talvine muffin võib sisaldada jõhvikaid, sõstraid ja rosinaid. Pisut riskides ning suviste ja talviste maitsete segamisel võib saada ka maitsvaid muffineid. Näiteks väga magus kirsside partii võib hapuka jõhvika maitset täiendada.
Kuigi segamarjamuffinite taignapõhjaks on tavaliselt vanilje, pole see sugugi karm ja kiire reegel. Võib kasutada šokolaaditainast, kuigi šokolaadimuffinite marjad peavad tavaliselt olema väga magusad, et vältida šokolaadi magususe kõrval mõru maitset. Üldiselt sobivad šokolaadiga kõige paremini kirsid, maasikad ja kuivatatud puuviljad.
Teised taigna maitsed, mida proovida, on sidrun, apelsin ja kaneel. Tsitrusviljamaitselistest taignatest võiksid teha maitsvaid suviseid hommikusöögimuffineid, kaneelisega marja-muffinid aga võiksid olla pidulikud talvevaheajal. Jällegi tuleb kõigi kolme taigna puhul marju hoolikalt valida. Kirsid kaneeliga muffinites võivad olla meeletult magusad, samas kui jõhvikad sidrunitaignas võivad maitseda väga hapukalt. Sel viisil maitseid katsetavad pagarid peavad tavaliselt maitsema nii taignat kui ka marju, et otsustada, kas need sobivad hästi kokku.
Mõned pagarid võivad marjasegu muffinites nautida pähklite või seemnete maitset. Maasikate, mustikate ja kirssidega täidisega sidruni-mooniseemnete muffinid võivad olla maitsvad ja maitsvad. Kaneeli-pekanipähkli muffinid sõstarde, rosinate ja kuivatatud jõhvikatega võivad olla maitsev sügisene suupiste. Mandlid, jahvatatud linaseemned, kõrvitsaseemned ja isegi päevalilleseemned annavad sageli segamarjamuffinitele tekstuuri ja pähklise maitse.