Mõned erinevused muffinite ja koogikeste vahel on tihedus, glasuur ja see, milliseid toite sees küpsetatakse. Muffinite ja koogikeste tihedus on erinev, kuid muffinid on peaaegu alati tihedamad, kuna lisajahu on lisatud. Lisaks on koogikestel tavaliselt glasuur, muffinitel aga mitte. Teine erinevus nende kahe vahel on see, et muffinid võivad sisaldada toiduaineid, nagu köögivilju ja isegi liha, millest koogikesed tavaliselt puuduvad. Piir nende kahe eseme vahel võib aga olla udune, eriti kui tänapäeva kokad ei karda tavalisi toiduvalmistamisreegleid rikkuda.
Üks peamisi erinevusi muffinite ja koogikeste vahel on see, et muffineid määratletakse leivana, koogikesi aga väikeste kookidena. Muffinites on üldiselt palju rohkem jahu kui koogikestes, mis muudab need tihedamaks. Isegi kui kõik muud koostisosad oleksid samad, paistaks muffini tihedus silma, kuigi välimus on sarnane. Mõnikord tehakse koogikesi tavapärasest tihedamalt, kuid tavaliselt ei lähene need muffini tihedusele. Lisaks on muffinid tavaliselt koogikesest vähemalt veidi suuremad, samal ajal kui koogi suurused on tavaliselt standardsed või minid.
Teine erinevus muffinite ja koogikeste vahel on see, et koogikesed on tavaliselt jäätunud. Härmatis on sageli magus või mõnikord soolane, kuid kas see on koogikesel peaaegu alati olemas. Teisest küljest ei ole muffinitel tavaliselt glasuur. Tavaliselt süüakse neid puhtana või koos või, puuviljakonservide või muude maitseainetega. Muffinite külmutamisel kasutatakse sageli toitvamaid koostisosi, võrreldes magustoidule orienteeritud koogikeste jaoks mõeldud glasuuriga.
Tassikookidele ei ole tavaliselt muid lisandeid peale aeg-ajalt küpsetatud kommide ja koogi peal oleva glasuuri. Muffinid seevastu sisaldavad sageli puuvilju, köögivilju või mitmesuguseid muid rikkalikke toite. Erinevalt koogikestest on muffinid sageli mõeldud pigem täidiseks kui toidukorra lõpus pakutavaks magustoiduks. Üldiselt on koogikesed mõeldud magustoiduks, samas kui muffinid võivad olla mõeldud magustoiduks või tavaliseks toiduaineks.
Vahel on piir muffinite ja koogikeste vahel veidi hägune. Muffineid saab magustada ja mõnikord on koogid tavalisest soolasemad. Mõnikord valmistatakse muffinid tavapärasest vähema jahuga ja koogid võivad olla tavapärasest tihedamad. Mõnel inimesel on raskusi muffinite ja koogikeste eristamisega, kui mõlemad on härmas.