Kuigi nii fondanti kui ka martsipani kasutatakse kookide kaunistamisel ja kommide valmistamisel, on neil selged erinevused. Kahest fondanttüübist, rullitud ja valatud, kasutatakse rullitud kookide kaunistamiseks professionaalsete, sileda välimusega kookide jaoks, valatud aga võib kasutada kommikattena või ise kommideks vormida. Martsipan on piisavalt mitmekülgne, et seda saaks kasutada koogi katmiseks ja kommide valmistamiseks. Fondant ja martsipan sisaldavad mõlemad suures koguses kondiitri suhkrut, kuid martsipani põhiaineks on mandlipasta, seega on sellel tugevam maitse kui fondandil.
Nii rullis kui ka valatud fondandis kasutatakse kondiitrisuhkrut ja heledat maisisiirupit, valamisel aga sulatatud kondiitrikatet või valge šokolaadi laaste, rullimisel aga želatiini või täidist. Rullitud fondant annab elastse aine, mida saab rullida ja asetada jääkookidele, et saada sile ja ühtlane välimus, või lõigata ja vormida kaunistusi. Valatud fondant on paks, kuid kiiresti kuivav vedel segu, mida saab valada kommidele või magustoitudele või vormidesse kommide valmistamiseks.
Rullitud fondandi valmistamiseks segatakse tükike siirupiga, seejärel lisatakse vanilje ja sool. Fondant segatakse taignaks ja rullitakse seejärel lehtedeks, et asetada kookidele. Valatud fondant tekib suhkru ja siirupi segamisel veega ning seejärel sulatatud katte või šokolaadi ja muude maitseainete lisamisega. Seejärel tuleb segu enne tahkumist valada kommidele või vormidesse.
Martsipani valmistamisel kasutatakse nii mandlipastat kui ka kondiitri suhkrut ja maisisiirupit. Kuna martsipan sisaldab suures koguses mandlipastat, on sellel tugevam ja pähklisem maitse kui fondant. Sellel on pehme savitaoline tekstuur ja seetõttu saab sellest lahti rullida või kommideks vormida. Valatud fondandil ja martsipanil on aga kaks peamist erinevust. Valatud fondant vajab vormi, et vormida sellest kommid, samas kui martsipani saab töödelda saviga sarnaseks ja martsipan on liiga paks, et seda kattekihina valada.
Vaatamata sellele, et kookide katteks saab rullida nii rullitud fondanti kui ka martsipani, saab kommideks vormida ka ainult martsipani. Kuigi nii fondant kui ka martsipan on loomulikult valged, võib toiduvärvi lisada mõlemale. Üldiselt on martsipan mitmekülgsem ja suudab üksi teha seda, mida kahte tüüpi fondant suudab.