Orgaaniline kodujuust on pehme toorjuust, mille valmistamisel pole kasutatud pestitsiide, kasvuhormoone ega ennetavaid antibiootikume. Juust ise on tavaliselt valmistatud petipiimast, mida saab luua või valmistamise loomuliku kõrvalsaadusena või piima kääritamisel. Mahekodujuustu valmistamine ei kesta üle päeva ja see tuleb kiiresti ära tarbida või paar nädalat külmkapis hoida, et see ei rikneks.
Toote märgistamiseks mahekodujuustuks peab juustutootja järgima teatud juhiseid. Kuigi mahesertifitseerimise eripära on riigiti erinev, on üks standardnõue, et juustu valmistamisel kasutatavaid loomi söödetakse mahepõllumajanduslike teradega. Neid teravilju tuleb kasvatada maal, mis on olnud vähemalt kolm aastat vaba mitteorgaanilistest pestitsiididest, herbitsiididest ja väetistest. Loomadel tuleb lasta ka loomulikul teel küpseda ning neile ei tohi anda hormoone ega mitteorgaanilisi toidulisandeid, et suurendada nende kasvukiirust või piimatoodangut. Lisaks ei tohi loomadele anda antibiootikume, välja arvatud juhul, kui nad on haiged ja vajavad veterinaarravi.
Nende hooldusstandardite kohaselt kasvatatud loomade toodetud mahepiimast saab valmistada mahekodujuustu. Enamasti kasutatakse seda tüüpi juustudes lehmapiima, kuid kodujuustu on võimalik valmistada ka teiste piimaloomade, näiteks lamba- või kitsepiimast. Juustu valmistamise käigus tuleb mahepõllumajanduslikud koostisosad hoida eraldi mittemahepõllumajanduslikest koostisosadest, mida tehas võib samuti käsitleda.
Mahekodujuustu valmistamise protsess on sama, mis mittemahepõllumajandusliku kodujuustu valmistamisel. Juustule kasutatav piim kääritatakse ööpäeva või vähem, olenevalt sellest, kas kasutatakse reniini ja millises suuruses on juustust kohupiim. Seejärel kuumutatakse aeglaselt, kuni kohupiim taheneb. Kui kohupiim on soovitud tekstuuriga, loputatakse vadak või piima vedel osa maha ja kodujuustul lastakse külmkapis jahtuda.
Saadaval on mitut sorti orgaanilist kodujuustu. Seda saab valmistada erinevate loomade piimast, millest igaüks annab veidi erineva maitsega kodujuustu. Maitsestatud kodujuustu valmistamiseks võib seda segada ka puuviljade, mooside, ürtide või vürtsidega, nagu jogurt on.