Ensüümid on rakkude poolt loodud valgud, mis käivitavad biokeemilisi reaktsioone. Need on katalüsaatorid spetsiifilistele keemilistele reaktsioonidele, mis toodavad või töötlevad toitu. Kui toidus sisalduvad ensüümid esinevad looduslikult, siis toiduainetööstus paneb toidus leiduvaid ensüüme sinna ka selleks, et panna leiba kerkima, anda piimatoodetele maitset ning eraldada puu- ja köögiviljadest mahla. Nende kasutamine kasvab mitmel põhjusel, sealhulgas nende suhteliselt odav hind ja looduslikud juured, mis muudavad need populaarseks tarbijate seas, kes ei soovi oma toidus hunnikut hääldamatuid kemikaale.
Paljud toidus sisalduvad ensüümid ilmuvad kaubanduslikes küpsetistes. Ensüümi amülaasi kasutatakse sageli leivas kasutatava nisujahu kvaliteedi tugevdamiseks. Nisujahus sisalduv gluteen annab leivale nätske konsistentsi, kuid pagarid lisavad mõnikord amülaasi gluteeni eemaldamiseks või vähendamiseks, et toota krõbedaid tooteid, nagu küpsised ja kreekerid. Amülaas muudab tärklise ka roosuhkruks või peedisuhkruks, et kasutada seda toidus magusainena.
Piimatoodete puhul on toiduensüümid, nagu lipaas, eriti kasulikud juustu kreemja tekstuuri ja võise maitse saamiseks. Peptiidide ja proteaaside kombinatsioon võib muuta nii kõva kui ka pehme küpse juustu maitse rikkalikumaks. Proteaas suurendab ka juustu emulgeerimist ja vee imendumist. Piim ja piimavalgud kasutavad oma tootmisel ka ensüüme; trüpsiin ja kümotrüpsiin hüdrolüüsivad piima ja vähendavad piimavalkude kibedust. See tõstab piimatoodete maitset ja toiteväärtust.
Puuviljamahla ja veini poleks peaaegu nii lihtne toota ilma selliste ensüümideta nagu pektinaas. Sellel taimsel ensüümil on mitu kasutusala, sealhulgas apelsinide koorimise ja mahla eraldamise hõlbustamine. Tsellulaasi ja beeta-glükosidaasi kasutatakse puu- ja juurviljade (nt mangod ja porgandid) leotamiseks ning need võivad hilisemal pruulimisel parandada üldist saagikust. Hiljem, kui puuviljad pruulitakse mahladeks ja veinideks, lisatakse taimedest maitse saamiseks ensüüme, nagu glükanaas ja ksülanaas. Pektinaas parandab ka valgete veinide maitset ja aitab viinamarjadest mahla eraldada.
Toidu ensüüme – nagu proteaas, happeproteaas ja süsivesikuid – kasutatakse sageli valkude töötlemisel, olenemata sellest, kas neid leidub lihas, munades, terades, nagu nisujahu, soja, herned, pärm või mais. Väidetavalt parandavad toidus sisalduvad ensüümid taimede ekstraktsioonisaaki 5–20 protsenti. Ensüümid toetavad taimseid saadusi seedimisel. Liha muudavad maitsvamaks ka ensüümid, mis parandavad maitset, toidu lahustuvust ja seeduvust. Glükoosioksüdaas ja proteinaas parandavad ka munade välimust, vältides pruunistumist, ja hõlbustavad nende küpsetamist, võimaldades neil peksmisel kergemini vahtu minna.