Kaasasündinud immuunsüsteem on keha esimene kaitseliin mikroorganismide, näiteks viiruste, bakterite ja parasiitide põhjustatud infektsioonide vastu. Seda immuunsüsteemi haru nimetatakse kaasasündinud, kuna see aktiveeritakse kohe pärast nakatumist, et kaitsta kõigi patogeenide eest. Seevastu omandatud immuunsüsteem, keha teine kaitseliin, on palju spetsiifilisem reaktsioon, mis võtab aega. Kaasasündinud immuunsüsteem koosneb mitmeosalisest rünnakust, mis hõlmab füüsilisi tõkkeid infektsioonile, immuunrakke ja valgu molekule, mida nimetatakse komplemendiks ja tsütokiinideks.
Infektsiooni füüsilistest barjääridest on kõige olulisem nahk. Terve nahk on enamiku sissetungivate patogeenide suhtes läbitungimatu ning täiendavad mehhanismid, nagu higistamine, aitavad baktereid ja viirusi nahalt välja uhtuda. Samamoodi loputavad pisarad, lima ja sülg patogeene silmadest ja ninaneelust. Ka seedetrakt on osa kaasasündinud immuunsüsteemist. Selle asukoha kaitsemehhanismid hõlmavad trakti happesust, orgaanilist ainet seedivaid ensüüme ja antibakteriaalseid valke, mida nimetatakse defensiinideks.
Kui nakkustekitaja suudab neist füüsilistest barjääridest mööda minna või neid tühistada, on kaasasündinud immuunsüsteemi esimene reaktsioon põletikuline reaktsioon. Seda reaktsiooni stimuleerib põletikuliste kemikaalide vabanemine vigastatud või surevate rakkude poolt. Põletiku võib vallandada mitte ainult infektsioon, vaid ka vigastus. Infektsiooni esinemisel käivituvad aga koos põletikuga täiendavad kaitsemehhanismid. Need hõlmavad nii rakulisi kui ka keemilisi reaktsioone.
Patogeenide esinemine põletikukohas kutsub esile suure hulga erinevate kemikaalide vabanemise, millest osad lihtsalt soodustavad põletikku ja osad täidavad muid rolle. Vastuseks bakteriaalsete valkude olemasolule vallandub keemiline kaskaad, mida nimetatakse komplemendisüsteemiks. See on keemiliste reaktsioonide ahel, mis hõlmab suurt hulka erinevaid valke. Komplemendi kaskaadi lõpuleviimine aitab tappa sissetungivaid baktereid ja värbab ka rohkem immuunrakke nakkuskohta.
Nakkuskohas toodetakse ka teisi aineid, nagu laktoferriin, transferriin ja lüsosüüm. Laktoferriin ja transferriin seovad olemasolevat rauda, et piirata selle kättesaadavust bakteritele, samas kui lüsosüüm aitab hävitada baktereid nende rakuseinu lõhkudes. Samuti toodetakse immuunsüsteemile spetsiifilisi kemikaale, mida nimetatakse tsütokiinideks. Nende hulka kuuluvad interferoonid, mis aitavad vähendada viiruse replikatsiooni kiirust, ja interleukiin-1, mis suurendab komplemendi reaktsiooni efektiivsust.
Kuigi need keemilised reaktsioonid arenevad, on kaasasündinud immuunsüsteemi rakkudel, sealhulgas neutrofiilidel, makrofaagidel ja looduslikel tapjarakkudel, samuti oma osa mängida. Need rakud värvatakse nakkuskohta tsütokiinide ja muude põletikku soodustavate valkude abil. Kõik kolm rakutüüpi võitlevad sissetungivate patogeenidega, kuid teevad seda erinevate mehhanismide kaudu. Neutrofiilid ja makrofaagid tapavad bakterirakke neelates ja neid seedides, looduslikud taparakud aga hävitavad viirustega nakatunud rakke. Makrofaagid osalevad ka omandatud immuunsuse vallandamises, mis tekib vastusena jätkuvale infektsioonile.