Hallituse ja seene seos seisneb selles, et hallitus on tegelikult teatud tüüpi seene. Taksonoomias, mis on teaduslik viis elu klassifitseerimiseks ja järjestamiseks, on seened koos taime- ja loomariigiga üks kolmest kuningriigist. Hallitusel ja seentel on nii ühine kui ka teaduslik tähendus, kuigi “seen” on teaduslikum ja täpsem mõiste kui hallitus.
Hallitus on üldnimetus organismide kogumile, mis kuuluvad seeneriigi erinevatesse liikidesse, mis on teine taksonoomiline jaotus. Seened on eukarüootid, mida iseloomustavad tuumaga rakud ja membraaniga seotud rakustruktuurid, erinevalt prokarüootidest, millel ei ole tuuma ega membraaniga seotud rakustruktuure. Nad on ka heterotroofsed, mis tähendab, et nad ei saa ise energiat toota, nagu taimed, ja peavad elama oma elupaigas olevast orgaanilisest ainest. Seente sugukonda kuuluvad Chytridiomycota, Ascomycota, Blastocladiomycota, Microsporidia, Glomeromycota, Neocallimastigomycota ja Basidiomycota.
Hallitusseente ja muud tüüpi seente vahel on raske täpselt vahet teha, kuna hallitus kuulub mitmesse erinevasse sugukonda ja jagab neid sugukondi teiste seente tüüpidega. See ei sobi täpselt ühegi kategooria alla. Üldiselt on hallitus seeneniidistiku tüüp, mis toodab enamasti aseksuaalseid eoseid, mida nimetatakse koniidideks, kuid mõnikord sisaldab see ka seksuaalseid eoseid. See on kontrastiks seentele, seeneniidistiku sugulisele viljakehale. Mütseel on teatud tüüpi seene, mis kasvab mitmerakuliste hargnevate niitide kujul, mida nimetatakse hüüfideks. See on erinevalt pärmseentest, mis kasvavad üherakuliselt.
Hallitus pole palja silmaga nähtav enne, kui see moodustab koloonia, nagu võib näha seinal või leival kasvamas. Sageli on hallitus erksavärviline, mis aitab sageli eristada hallitust ja muud tüüpi seeni. Hallitus kuulub tavaliselt Basidiomycota ja Ascomycota phyla aseksuaalsetele liikmetele.
Hallitus ja muud seened võivad põhjustada negatiivseid tervisemõjusid, sealhulgas allergilisi reaktsioone, infektsioone ja kokkupuudet mükotoksiinidega. Mükotoksiinid on kemikaalid, mida toodavad teatud tüüpi hallitusseened ja mille eesmärk on takistada konkureerivate mikroorganismide kasvu. Need kemikaalid võivad kahjustada immuunsüsteemi ja kopse ning muuta keha vastuvõtlikumaks bakteriaalsete infektsioonide suhtes. Stachybotry chartarum, mida sageli nimetatakse mustaks hallituseks, on nende toksiliste hallitusseente üsna tavaline näide ja põhjustab kõige tõenäolisemalt terviseprobleeme niisketes suletud ruumides, näiteks üleujutatud kodudes.
Inimesed on kasutanud ka teisi hallitusseente, pärmseente ja seente sorte, leiva juuretises, söögiseentes, alkoholi tootmisel, narkootikumide valmistamisel ja juustu kasvatamisel. Hallitusseen Penicillium on neist “headest” seentest ehk kõige kuulsam. Penicilliumit on juustude tootmisel kasutatud juba aastaid ja 1928. aastal avastati, et sellest bakterist saab valmistada ka antibiootikume. Londoni St Mary haigla šoti teadlane Alexander Fleming jättis Staphylococcus’e baktereid sisaldava Petri tassi kogemata avatuks, mis võimaldas sellel saastuda hallitusega, mis hiljem tuvastati kui Penicillium notatum. Fleming täheldas, et hallitus võitles bakteritega, mille tulemusel arenes välja rangelt ette nähtud antibiootikum, penitsilliini.