Pärleid on erinevates värvides ja toonides, alates valgest, kreemikast ja roosast kuni mustani sinise, rohelise või lilla varjundiga. Pärli värvuse eest vastutavad paljud tegurid, kuid enamasti sõltub see juhusest. Musta huulega austri puhul ei teki tavaliselt valget pärlit ja väga harva juhtub, et teised austrid toodavad musta pärli. Peale selle on aga vähe kindlust, mis värvi pärleid võite teatud austritelt või teatud aladelt koristada.
Pärli moodustav materjal, tuntud kui pärlmutter, eritub austri poolt vastusena kesta sees olevale ärritajale. Looduslikud pärlid on äärmiselt haruldased ja kallid ning koosnevad kontsentrilistest pärlmutterkihtidest, mis võivad olla mikroskoopilise algupärase ärritaja, näiteks liivatüki ümber. Kultiveeritud pärlite valmistamiseks lisatakse kestümbris, mis on tavaliselt täiesti ümmargune, ja lastakse selle ümber moodustada paar pärlmutterkihti.
Pärli värvi mõjutavad tegurid, sealhulgas austri tüüp, pärlmutterkihtide paksus ja arv ning võimalik, et austri veekeskkonnas leiduvad mikroelemendid. Pärlitootja võib ka pärli värvi teatud määral mõjutada, viies peremeesaustrisse koos koore tuumaga teise austri kude. Pärli värvi määrab tegurite kombinatsioon: põhivärv, ülemtoon ja sillerdus. Kultiveeritud pärleid mõnikord ka värvitakse.
Mida paksem pärlmutter, seda rikkalikum on pärli värv ja seda rohkem see sillerdab. Õhuke pärlmutter annab väheste ülemtoonidega piimja välimusega pärli. Pärli sillerdus on tingitud kattuvatest poolläbipaistva pärlmutterkihtidest.
Pärli värv võib, kuid ei pruugi mõjutada selle maksumust, kuigi värvi ühtlus muudab pärlid väärtuslikumaks. Mustad pärlid olid varem üsna haruldased ja väga väärtuslikud, kuid nüüdseks on neid kultiveeritud ja sellest tulenevalt palju laiemalt kättesaadavad. Looduslikud valged pärlid on haruldasemad ja väärtuslikumad kui kultiveeritud mustad pärlid. Parim värv on suures osas isikliku valiku küsimus või mis iganes kõige meeldivam nahatoonile, kuigi piirkondlikud eelistused on olemas ja võivad hinda mõjutada.