Kuigi välimuselt meenutavad täisteramuffinid väikseid tassikooke, on neil leiva konsistents. Täistera nisu muffinite valmistamisel kasutatakse valge jahu asemel täistera nisujahu. Muffinid on valmistatud taignast, mis asetatakse üksikutesse kaarekujulistesse muffinitopsidesse, mis on enne küpsetamist kaetud mittenakkuva küpsetusspreiga. Enamik inimesi eelistab täisteramuffineid määrida võiga, kuigi peale võib määrida ka moosi, tarretist või hoidiseid. Täistera nisu muffinitest saab luua palju variatsioone, lisades ka muid koostisosi, tavaliselt puuvilju.
Täisterast muffinite valmistamiseks võib kombineerida universaalset jahu ja täistera nisujahu. Muffinitele magusa maitse andmiseks eelistavad paljud lisada kindlalt pakitud fariinsuhkrut. Suhkrupiiranguga dieedil olevad inimesed võivad eelistada suhkruasendajat. Taimeõli ja munad on koostisosad, mis on vajalikud taigna moodustamiseks ja muffinite niiskeks muutmiseks. Küpsetuspulber aitab muffinitel küpsemise ajal korralikult kerkida.
Erinevat tüüpi omatehtud nisumuffinid hõlmavad õhtusöögi- või magustoidumuffineid. Magustoidumuffineid serveeritakse tavaliselt moosi või võiga. Kuid magustoiduna võivad lisatud koostisosad anda täistera muffinitele rikkalikuma ja magusama maitse. Magustoidumuffinid valmistatakse tavaliselt sellistest koostisosadest nagu värsked puuviljad või isegi poolmagusad šokolaaditükid.
Laste seas on populaarsed täistera nisu šokolaaditükkidega muffinid. Neid muffineid võib serveerida magustoidu, suupistete või lõunakarbi lisandina. Täistera nisušokolaaditükkidega muffineid võib valmistada poolmagusate pagarišokolaaditükkidega või piimašokolaaditükkidega. Lisaks munadele, küpsetuspulbrile ja taimeõlile võib lisada muid koostisosi, näiteks granuleeritud suhkrut ja vaniljeekstrakti.
Õuna-kaneeli nisumuffinid on populaarne valik suupistete ja magustoitude valmistamiseks. Lisaks traditsioonilistele nisumuffinite valmistamisel kasutatavatele koostisosadele nõuab see retsept jahvatatud kaneeli ja värskeid õunu, mis on kooritud ja kuubikuteks lõigatud. Valikulised koostisosad, mida paljud pagarid eelistavad, on hakitud kreeka pähklid või hakitud kookospähkel.
Täistera nisu muffineid võib küpsetada enamiku igat tüüpi puuviljadega. Värsked marjad on veel üks populaarne valik nisumuffinitele lisamiseks. Segamarjast nisumuffinid on tervislikud, kui need on valmistatud värskete mustikate, maasikate ja vaarikatega. Täistera virsiku muffinid on veel üks variant, mis on valmistatud kuubikuteks lõigatud värskete virsikutega.
Mõned eelistavad aja säästmiseks muffineid mikrolaineahjus küpsetada. Traditsiooniline meetod on aga muffinite küpsetamine tavalises ahjus. Kuigi ahjud võivad erineda, piisab tavaliselt muffinite küpsetamisest temperatuuril 350° Fahrenheiti (176° Celsiuse järgi) umbes 25 minutit.