Probiootikumid ja ensüümid toimivad seedetraktis paralleelselt. Mõlemad lagundavad toitu, aidates seega kaasa paremale seedimisele. Ensüümid lähevad aga sammu kaugemale. Nad toidavad probiootikume ning võimaldavad neil elus püsida ja paljuneda. Seda seetõttu, et probiootikumid söövad kõrvalsaadusi, mis tekivad ensüümide toidu keemilisel seedimisel, jagades need lihtsateks toitaineteks, mida probiootikumid saavad kergesti omastada.
Ensüümide poolt probiootikumide toetamiseks loodud toiduainete hulka kuuluvad rasvhapped, lihtsüsivesikud ja aminohapped. Probiootikumide ja ensüümide vaheline toiduvahetus hõlmab ka erinevaid ensüümide poolt toodetud mineraale ja vitamiine. Neid toitvaid kõrvalsaadusi toodavad üheksa erinevat tüüpi ensüümi. Nad tegutsevad seedetrakti eripiirkondades, nagu jämesool, peensool ja kõhunääre.
Proteaasi, amülaasi ja lipaasi peetakse kolmeks peamiseks seedeensüümiks. Lipaas seedib lipiididena tuntud rasvu ja toodab selle seedimise kõrvalsaadusena rasvhappeid. Amülaasi ülesanne on sihtida tärklisi ja süsivesikuid, jagades need lihtsateks suhkruteks, mis on probiootikumide hõlpsaks tarbimiseks piisavalt põhilised. Proteaas, eriti proteaasi ensüüm, mida nimetatakse pepsiiniks, lagundab valke, et toota aminohappeid.
Sekundaarsete seedeensüümide hulka kuuluvad sahharaas, maltaas ja laktaas. Laktaas seedib piimasuhkrut, mida nimetatakse ka laktoosiks. Maltaas redutseerib maltoosina tuntud linnasesuhkru keemiliselt glükoosiks. Sahharaas seedib sahharoosi, moodustades kas fruktoosi või glükoosi. Ülejäänud ensüüme karbohüdraas, pektinaas ja hemitsellulaas ei peeta probiootikumide jaoks oluliseks, kuigi need aitavad inimkehal seedida.
Keemilise seedimise käigus tekkivad aminohapped ja tärklised pole kasulikud ainult probiootikumidele ja ensüümidele. Inimesed saavad seda toitu omastada ka elundite limaskestade kaudu. Proteaasi ensüümid teenindavad peamiselt peensoole probiootilist laktobatsilli, kus aminohapped pääsevad läbi membraani vereringesse. Amülaas on samal ajal seotud probiootikumidega kõhunäärmes ja süljenäärmetes, kus amülaasi poolt vabanevad lihtsuhkrud võivad imenduda suu või pankrease membraani kaudu.
Kuigi nii probiootikumid kui ka ensüümid muudavad toidu seedimise kaudu energiaks, pole see probiootikumide peamine eelis. Probiootikumid kaitsevad immuunsüsteemi ja suurendavad selle efektiivsust, eemaldades toksiine ja pahatahtlikke baktereid. Detoksifitseerijana on probiootikume kiidetud selle eest, et nad hoiavad ära vaevusi alates allergiatest kuni käärsoolevähini. Need kasulikud mikroorganismid võivad aidata organismil võita kahjulikke baktereid, nagu salmonella ja E. coli. Mida rohkem nad ensüümidest toitu saavad, seda rohkem suudavad probiootikumid paljuneda ja tervisekaitset pakkuda.
Inimeste vananedes või haiguste all kannatades võib probiootikumide hulk kehas langeda. Probiootikumide ja ensüümidega toidulisandid võivad turgutada organismi kasulikku mikrofloorat. Need, kes kasutavad toidulisandeid või elustoitu, et suurendada probiootikumide ja ensüümide taset kehas, peavad tavaliselt jääma järjekindlaks, kuna nii probiootikumid kui ka ensüümid tühjenevad regulaarselt ja neid tuleb täiendada.
Mõned täiendavate probiootikumide ja ensüümide kriitikud väidavad, et ensüümid, eriti proteaas, hävitavad mõned valgupõhised probiootikumid. Kuid paljud uuringud lükkavad selle väite ümber. Kahjuliku koostoime vältimiseks soovitavad paljud toitumisspetsialistid võtta enne sööki ensüüme ja pärast seda probiootikume.