Östrogeeni ja folliikuleid stimuleeriva hormooni (FSH) vaheline seos seisneb selles, et östrogeen ja FSH on mõlemad munasarjade tsükli olulised osad, mis on naise ovulatsiooniprotsess; FSH käivitab munasarjade tsükli, mis omakorda sütitab östrogeeni tootmist. Teine seos östrogeeni ja FSH vahel on see, et nad on mõlemad hormoonid, mis tähendab, et nad reguleerivad kemikaale, mis juhivad keha füsioloogilisi funktsioone. Östrogeen on suguhormoon, samas kui FSH on gonadotropiin. Nende rollid on tohutult erinevad, hoolimata sellest, et mõlemad kuuluvad naiste seksuaalse paljunemise valdkonda. FSH roll on kontrollida kõiki munasarjade arengufaase sünnist kuni menopausini; östrogeeni ülesanne on eelkõige kontrollida naise menstruaaltsüklit.
Nii östrogeen kui ka FSH on menstruatsiooni ja raseduse vajalikud komponendid. FSH käivitab ühe munaraku tootmise ja vabaneb iga 28 päeva järel, mistõttu on naisel vaja luua emakalimaskesta, mis võib viljastatud munarakku pehmendada või menstruatsiooni ajal reproduktiivjäätmetena väljutada. Östrogeen põhjustab selle emaka limaskesta, mida nimetatakse ka endomeetriumiks, kasvu ja paksenemist. Ilma östrogeeni ja FSHta poleks naiste paljunemine võimalik.
Igakuine munasarjatsükkel algab siis, kui hüpofüüsis vabaneb FSH, mis kutsub esile munaraku ehk munaraku moodustumise ühes naise munasarjas. Munaraku arengu ajal moodustub kõigepealt munarakk; see folliikul, mis lõpuks on munaraku ümbritsev kaitsekott, kuni see küpseb, ja eraldub munajuhadesse ovulatsiooniks, eritab naissuguhormooni östrogeeni. Täpsemalt, folliikul eritab östrogeeni vormi, mida nimetatakse östradiooliks. Kuigi teised keha koed võivad toota madalat östrogeeni taset, vastutavad FSH poolt reguleeritud munafolliiklid naisorganismis östrogeeni tootmise peamise taseme eest.
14-päevase menstruaaltsükli esimese 28 päeva jooksul on östrogeeni ja FSH tase kõrgeim, kuna folliikul areneb mitme päeva jooksul. 14. päeval pärast munaraku küpsemist vabaneb see folliikulist ja liigub munajuhasse. Mahajäänud folliikuli, mida nimetatakse kollaskehaks, eritab väikeses koguses östrogeeni kuni tsükli 28. päevani, mil pärast FSH aktiivsuse taastamist algab kogu protsess uuesti.
Menopausi alguses on drastiline mõju nii östrogeenile kui ka FSH-le. Vananenud munasarjad ei ole enam FSH-le vastuvõtlikud ja ignoreerivad signaale munafolliikulite tekkeks. See omakorda toob kaasa östrogeeni tootmise languse. Östrogeeni kadu võib avaldada naistele kahjulikku mõju, kuna lisaks paljunemisele aitab östrogeen kaasa naha elastsusele, meeleolu tasakaalustamisele ning häbeme ja teiste tupe osade tervisele. Seetõttu määravad paljud arstid välja steroidse östrogeeni, et asendada hormooni kontsentratsioone, mida organism enam looduslikult ei tooda.