Presbüterlik teoloogia tuleneb protestantismist ja on saanud alguse John Calvini õpetustest. Peamine presbüterlaste teoloogiat reguleeriv põhimõte on see, et pääste tuleb ainult usu kaudu, mitte kujude ja pühakute austamise või surnute eest palvetamise kaudu. Mõned presbüterlaste kiriku märkimisväärsed juhid olid John Knox Šotimaal ning Ulrich Zwingli ja Heinrich Bullinger Šveitsis.
Mõiste “presbüterlane” pärineb sõnast presbyteros, mis tähendab kreeka sõna “vanem”. Presbüteri kiriku korraldus sarnaneb protestantlike kirikute omaga, kes võtsid omaks Šveitsi protestantliku reformatsiooni ideed. Preestrid, kes on demokraatlikult valitud kohalike kristlike kogukondade poolt nii meeste kui naiste seast, juhivad presbüteri kirikut. Nad on ka kiriku nõukogude, presbüterite, sinodite, rahvusnõukogu ja ülemnõukogu liikmed.
Presbüteri kiriku teoloogia aktsepteerib nii Apostli usutunnistust kui ka Nikea usutunnistust. Seda tüüpi teoloogia rõhuasetuste hulgas on jumalik väljavalimine, Jumala suveräänsus, sakramentide tähtsus ning vagaduse ja intellektuaalse kultuuri täiuslik tasakaal. Isegi kui see teoloogia on tuletatud Calvini õpetustest, ei õpeta see, et Jumal määras ühed inimesed päästmiseks ja teised hukatusse. Presbüterlased leiavad, et kuigi kõik inimesed väärivad oma patuse loomuse eest karistust, otsustas Jumal päästmiseks valida numbri ja lasta teistel oma teed minna.
Presbüterlaste teoloogias aktsepteeritakse ainult kahte Jeesuse seatud sakramenti: ristimist ja püha õhtusööki. Presbüterlased usuvad, et ristimine on Jeesuse poolt sisse seatud sakrament, kus kirikusse sisenejale antakse uussünd ja pattude andeksandmine. Ristimine toimub Isa, Poja ja Püha Vaimu nimel ning seda saab teha ainult üks kord elus. Vett kasutatakse ristimise välise elemendina, kuid kastmine pole vajalik. Püha õhtusöömaaeg meenutab Jeesuse ristil toodud ohvrit ning välised elemendid – leib ja vein – sümboliseerivad vastavalt Jeesuse ihu ja verd.
Presbüterlaste teoloogias on Piibel vahend, mille abil kristlased õpivad tundma Jumala kohalolu kõigis inimelu aspektides, aegade algusest kuni tänapäevani. Presbüterlased usuvad, et Jumala igavest headust ja pidevat armastust oma loodu vastu saab mõista Piiblit uurides. Presbüterlased kasutavad nii Vana Testamenti kui ka Uut Testamenti.
Presbüteri kolledžid on olemas kõigis riikides, kus see kirik asub. Paljud neist pakuvad lastele traditsioonilist haridust presbüterismi moraalipõhimõtete järgi. Inimestele, kes on huvitatud teoloogia kraadi omandamisest, pakuvad presbüterlaste kolledžid presbüterlaste teoloogia, misjonitöö ja pastoraalse nõustamisega seotud kursusi.