Inimestele, kes naudivad vanade lemmikute uusi pöördeid, võib pestopitsa olla tervislik valik, mis on täis vitamiine ja mineraale. Üldiselt on pestopitsa rohelise pestokastmega pitsakoorik, mida kasutatakse punase tomatikastme asendajana. Nii nagu traditsioonilist pitsat, võib kasutada laia valikut täidiseid ja pitsa peal on tavaliselt kas mozzarella, fetajuust või mõlema kombinatsioon. Populaarne pestokastmega pitsavorm kasutab pesto valmistamiseks basiilikut, piiniaseemneid ja parmesani juustu. Muud pesto variandid võivad hõlmata koriandrit, spinatit, lehtkapsast või fava ube, aga ka mandleid või kreeka pähkleid.
Pesto pitsa jaoks pesto valmistamine on lihtne protsess, kui kokal on köögikombain või blender. Traditsioonilise basiilikupesto valmistamiseks asetatakse köögikombaini 25–30 värsket basiilikulehte koos 2–3 supilusikatäit (umbes 28.6–42.9 grammi) piiniaseemnete ja parmesani juustuga. Suitsuvama maitse saamiseks võib piiniaseemneid ka röstida. Segule võib lisada ka 3 supilusikatäit (umbes 42.9 grammi) kuni pool tassi (umbes 113.4 grammi) oliiviõli ning näpuotsaga soola ja pipart. Sel ajal blenderdatakse või segatakse, kuni see on ühtlane, nagu kaste.
Pärast pesto valmistamist saab pestopitsat valmistada sarnaselt traditsioonilise pitsaga. Põhimõtteliselt on koorik kaetud pestokastmega. Seejärel saab lisada lisandeid. Pesto pitsa kõige populaarsemate lisandite hulgas on tomatid, artišokid, brokkoli, oliivid, seened, sibul ja keedetud kana. Enamasti kasutatakse ka hakitud või viilutatud mozzarella juustu. Mõnel juhul võib mozzarella asemel kasutada fetajuustu. Seejärel küpsetatakse pestopitsat ahjus, mis on eelkuumutatud temperatuurini 450 °F (umbes 232.2 °C), umbes 10–12 minutit.
Kuigi basiiliku, piiniapähklite ja parmesani juustu kombinatsioon võib olla kõige levinum pestopitsa tüüp, on sellel palju erinevaid variatsioone. Näiteks võib värske basiiliku asemel kasutada muid värskeid koostisosi, nagu koriandrit, spinatit, lehtkapsast või fava ube. Lisaks võib piiniapähklite asemel kasutada kreeka pähkleid või mandleid. Teatud tüüpi pesto puhul jäetakse juust välja ja lisatakse selle asemel vürtsikas jalapeno lisamaitse andmiseks.
Madalaima kalorsusega pestopitsa valmistamiseks on kõige parem teha pestot, kasutades vähem oliiviõli ja jättes juustu välja. Iga koostisosa pakub palju kasu tervisele. Näiteks basiilik on antibakteriaalne ja arvatakse, et see parandab ka südame tervist. Samuti arvatakse, et koriander kontrollib veresuhkrut ja kolesterooli ning spinatit ja lehtkapsast peetakse supertoiduks, mis võitleb vähiga ja tugevdab luid.