Ohustatud ökosüsteem on looduskeskkond, mida ähvardab kokkuvarisemine ja kadumine inimtegevuse, reostuse ja liikide väljasuremise või ülepopulatsiooni ja muude tegurite tõttu. Elusad ja elutud olendid suhtlevad, loovad üksteisest sõltuvaid suhteid ning vahetavad energiat ja ainet ökosüsteemides, mis võivad olla nii suured kui planeet või väikesed kui kalakauss. Kui keskkonna liikide ning füüsikaliste ja keemiliste tegurite vastastikune sõltuvus on häiritud, satub ökosüsteem ohtu ja võib täielikult laguneda. Ökosüsteemi kokkuvarisemise tagajärjed hõlmavad massilist väljasuremist, liikide populatsioonide kontrollimatut kasvu, inimeste toiduvarude katkemist, erosiooni, üleujutusi, kliimamuutuste kiirenemist ja looduskeskkonna suurte piirkondade lagunemist.
Ohustatud ökosüsteemil on palju looduslikke ja inimlikke põhjuseid, mis sageli häirivad ökosüsteemi toiduahelat ja füüsilist keskkonda. Teatud veeliikide, nagu haid või harilik tuun, ülepüük võib kahjustada toiduahelat, kurnades suuri kiskjaid, mis hoiavad väiksemate liikide populatsioonide kontrolli alt väljumast. Ilma suurte kiskjateta sigivad paljud liigid kaugemale, kui vahetu keskkond ei suuda neid toetada, mille tulemuseks on ressursside ja toidu vähenemine ning ohustatud ökosüsteem.
Kui praeguse ökosüsteemi ressursid on ammendatud, võib ülekasvatatud liik kolida uude keskkonda, kus see võib muutuda invasiivseks ja hävitavaks. Inimene võib liike ökosüsteemi viia ka selleks, et kontrollida põlisloomade või putukate populatsiooni, kuid sellel on hoopis häiriv mõju.
Saasteained võivad ohustatud ökosüsteemile avaldada doominoefekti, hävitades füüsilist keskkonda ja tapavad või muteerivad liike. Näiteks võib veeökosüsteemi sattunud saasteaine tappa taimi, mida suuremad kalad ja koorikloomad tarbivad. Need taimtoidulised liigid hakkavad surema ja seega kahandavad toiduallikaid süsteemi lihasööjatelt kiskjatelt, kes samuti hukkuvad suurel hulgal või rändavad elatist otsima uude ökosüsteemi. Lisaks võivad saasteained põhjustada ökosüsteemi liikide muteerumist, mille tulemuseks on kõik alates viljatusest kuni lisajäsemete ja halvavate füüsiliste defektideni.
Ehitus, arendus ja muu inimtegevus, sealhulgas jahipidamine, võib põhjustada ohustatud ökosüsteemi. Valesti korraldatud või liigne küttimine võib nõrgestada liigi populatsiooni, eemaldades loomad kiiremini, kui nad paljunevad, ja katkestada seeläbi toiduahela. Ehitus ja areng võivad hävitada ökosüsteemi füüsilise keskkonna, millest elusliikide ellujäämine sõltub. Kui ohustatud ökosüsteemi liike ei suudeta edukalt ümber paigutada, võib neid ähvardada väljasuremine.