Märgalade elupaik koosneb vähemalt osa aastast veega kaetud alast, mis loob keskkonna eluslooduse ja taimede ellujäämiseks. Märgalade elupaigad kirjeldavad magevee, soolase veega või nende kahe kombinatsiooniga täidetud rabasid, soosid või soosid. Vee kvaliteet ja soolsus määravad märgaladel asustavate taimede ja loomade liigid ning toitainete taseme mullas.
Soo kujutab tavaliselt jõgede, järvede või rannikuäärsete kallaste madalaid alasid, kus kõrrelised õitsevad. See võib olla peamiselt soola- või mageveesoo või mõlema segu. Veetase muutub tavaliselt aastaaegade ja loodete tõttu. Soolise märgala elupaigas leidub tavaliselt madala mineraalainetesisaldusega pinnases pilliroogu ja põllulilli. Kilpkonnad, krevetid ja koprad on mõned näited seda tüüpi märgaladel elavatest metsloomadest.
Sood viitavad aeglaselt liikuvatele jõgedele või ojadele, kus veetase on soodest sügavam. Soodes kasvavad taimeliigid on puitunud, näiteks mangroovid soolastel märgaladel ja põõsad magevee märgaladel. Need alad koosnevad tavaliselt vähesest drenaažist ja mudase põrandaga. Erinevat tüüpi linnud, saarmad, maod ja alligaatorid on levinud metsloomad, mida leidub soistes märgalade elupaikades.
Rabad ja sood sisaldavad magevett, kusjuures peamine niiskuseallikas on sademed. Mõned rabad asuvad madalatel aladel, kus kunagi katsid maad liustikujärved. Soo sisaldab suure leelisesisaldusega mulda ja seda võib kirjeldada kui turbamärgala elupaika, mille põrandal kasvab sammal. Tavaliselt leidub rabas vähe toitaineid. Metsloomade hulka kuuluvad hirved, kes toituvad taimedest, mitmed linnuliigid ja mitmesugused putukad.
Märgalade elupaik pakub toiduahelas kriitilisi lülisid alligaatoritest kiilideni. See toimib ka lindude pesitsuskohana ja teatud kalaliikide, sealhulgas forelli ja lõhe kudemispiirkonnana. Rändlinnud kasutavad puhkamiseks märgala, samas kui mõned väikesed loomad leiavad selles keskkonnas kaitset saagi eest. Märgalade elupaik võib olla aastaringseks koduks saarmatele, kassidele ja teistele metsloomadele.
Need alad on ökosüsteemi jaoks olulised, kuna need vähendavad üleujutusi, võimaldades koguneda üleliigsel veel, kui jõgede veetase tõuseb. Märgalade elupaik takistab ka mulla erosiooni, sest taimed hoiavad mustust ja filtreerivad setteid, parandades vee kvaliteeti. Lisaks kaladele ja metsloomadele toitainetega varustamisele on märgalad linnuvaatlejate ja õngitsejate puhkealad.
Mõne piirkonna jõupingutused märgalade taastamiseks või säilitamiseks algasid pärast nende alade täitmist või kuivendamist ehitusplatside, teede, põllumaade või karjamaade loomiseks. Märgalade elupaiga väärtus pälvis rahvusvahelise tunnustuse, kuna need alad kadusid. Mõnes piirkonnas luuakse hävinud elupaikade asemele uusi märgalasid.