Juustumuffinid on teatud tüüpi küpsetised, mis valmistatakse üksikute portsjonitena ja mida süüakse hommikusöögiks, tee kõrvale, suupisteks, õhtusöögiks või magustoiduks. Teatud tüüpi juustu segatakse soolase muffini saamiseks teiste koostisosadega. Juustumuffinis kasutatav juust võib olla mis tahes tüüpi, kuid üldiselt on see cheddar, luues muffini, mille juust on kogu muffini jooksul segatud. Teist tüüpi juustumuffin hoiab juustu muffini keskel. Seda tüüpi täidisega muffinite jaoks kasutatakse tavaliselt toorjuustu.
Juustumuffinid, nagu igat tüüpi muffinid, on valmistatud teatud tüüpi jahust. See võib olla universaalne jahu, nisujahu või nende kahe kombinatsioon. Söögisooda või küpsetuspulber paneb muffini kergelt kerkima. Kasutatava suhkru kogus varieerub olenevalt sellest, kas soovitakse magusat või soolast juustumuffini. Munad hoiavad koostisosi koos.
Tavaliselt kasutatakse teatud tüüpi võid, õli, hapukoort või rasvainet. Suured kogused võid või küpsetised tagavad, et muffin on niiske. Üks puudus on see, et muffin on tavaliselt kõrge rasvasisaldusega, kuigi rasvata hapukoor võib asendada võid või õli.
Üldjuhul sisaldavad juustukuffinid cheddarit või muud tüüpi kõva juustu tavalisse muffinisse. Võib lisada ka muid koostisosi, mis täiendavad juustu. Maisi- ja juustumuffineid saab valmistada pakendatud maisimuffinisegu, kodujuustu ja cheddari juustuga, et saada huvitav maitsekooslus. Peekoni ja juustu muffin sobib suurepäraselt hommikusöögiks. Parmigiano-Reggiano juustust saab soolase muffini, mis sobib hästi õhtusöögi või supi kõrvale või suupisteks.
Toorjuustu muffinid on soolased muffinid, mis on nagu koogikesi, kuigi nad pole nii magusad. Seda tüüpi muffinit võib valmistada rohkem suhkruga kui soolast või tavalist muffinit. Toorjuust segatakse tuhksuhkruga ja asetatakse muffini keskele. Katte saab valmistada jääkülma või jahu-suhkrusegusse lõikamisega, kasutades kondiitrilõikurit, kahvlit või kahte nuga.
Muffinivorm on eraldi anumatega küpsetusplaat muffinite või koogikeste jaoks. Muffini suurus võib olla erinev, kuid seda saab hoida ühes käes. Enne taigna pannile panemist tuleks muffiniplaat määrida või või mittenakkuva pihustiga. Kasutada võib ka koogivooderdust, kuigi juustumuffinid võivad paberi külge kleepuda.