Hügieenihüpotees on meditsiiniringkondades levinud teooria, mis viitab sellele, et inimesed võivad tegelikult elada elu, mis on nende endi huvides liiga puhas. Hügieenihüpoteesi argument on see, et varases lapsepõlves kokkupuude selliste asjadega nagu bakterid, parasiidid ja nii edasi võib õpetada immuunsüsteemi neid asju ära tundma, võimaldades tal keskenduda oma algsele eesmärgile, kaitstes keha haiguste eest. Hügieenihüpoteesi kohaselt võib sellise kokkupuute puudumine olla arenenud maailma allergiamäärade tõusu taga.
Selle kontseptsiooni pakkus algselt välja Briti teadlane David Strachan 1989. aastal. Strachan vaatles suurte perede tervist, mitte väikeste perede tervist ja avastas, et lasterikastes peredes on lapsed sageli tervemad ja vähem altid allergiatele. Strachan arvas, et see võib olla seotud suurenenud kokkupuutega selliste asjadega nagu bakterid, mis on tavalised suurtele peredele, kuna haigustega kokkupuutumist on raske kontrollida, kui kaasatud on suur rühm lapsi.
Teadlased on uurinud ka teisi tänapäeva inimese elu suundumusi, mis minimeerivad kokkupuudet kahjulike organismidega, näiteks suurenenud antibiootikumide kasutamine ja antimikroobsete puhastusvahendite kasutamine kodus. Mõned usuvad ka, et selliste asjade nagu õhukindlate uste ja akende väljatöötamine on aidanud kaasa allergeenide kogunemisele kodus, hoides need asjad kinni siseruumides, mitte lasknud neil välja voolata.
See tähendab, et potentsiaalselt kahjulike organismidega kokkupuutuvatel inimestel tekib immuunsüsteem, mis on võimeline selliste organismidega võitlema, muutes potentsiaalselt kellegi vastupidavamaks. Hügieenihüpoteesi kohaselt võib immuunsüsteem, kui immuunsüsteem ei ole hõivatud selliste asjadega nagu parasiitide vastu võitlemise viiside väljatöötamine, õppida ründama juhuslikke võõrkehi, nagu õietolm, lemmikloomade kõõm ja nii edasi. Põhimõtteliselt võivad inimesed “liiga puhtalt” elades pärssida oma immuunsüsteemi arengut.
Põhimõtteliselt aitab kokkupuude kahjulike asjadega immuunsüsteemil end reguleerida. See arendab spetsiaalseid rakke, mida nimetatakse t-rakkudeks ja mis võitlevad haigustega, ja need rakud õpivad tuvastama kahjulikke aineid ainult kokkupuutel. Ilma et see puutuks kokku lugematute inimkeha ründavate organismidega maailmas, puudub immuunsüsteemil tugiraamistik ja selle asemel ründab see asju ilma igasuguse kontrolli või kontrollita, mis võib muu hulgas põhjustada mitmesuguseid autoimmuunhaigusi.
Hügieeni hüpoteesi kohta on läbi viidud mitmeid uuringuid ja selle toetuseks on mõned tõendid. See ei tähenda, et peaksite oma lapsi kokku puutuma paljude kahjulike bakterite ja parasiitidega, kuid see tähendab, et vähese mustuse söömine ei pruugi olla kahjulik. Abi võib olla ka selliste ravimite, nagu antibiootikumide, kasutamisest vabanemisest, mis võimaldab organismil õppida kergete infektsioonidega iseseisvalt võitlema.