Glossofarüngeaalset närvi nimetatakse ka üheksandaks kraniaalnärviks. Kraniaalnärvid on ajust tulenevad elutähtsad närvid, mis aitavad ajul kontrollida lihaseid, töödelda viit meelt ja kontrollida näärmeid kehas. Nagu nimigi viitab, pärineb glossofarüngeaalne närv ajust koljupõhja lähedalt, väljub koljust läbi suure augu, mida nimetatakse jugulaarseks avauks, ning lõpeb suu ja kõri tagaosas. Glossofarüngeaalne närv võimaldab tajuda maitset keele kõige tagumises osas, edastab valu- ja puudutustunde kurgust ja keelest ning kontrollib neelamisel kasutatavaid lihaseid.
Ainult glossofarüngeaalset närvi on raske hinnata, kuid tavaliselt uurivad arstid keele tagumise keele oksendamise refleksi ja maitset, et määrata glossofarüngeaalset funktsiooni. Eraldatud üheksanda närvi kahjustused on äärmiselt haruldased. Ajutüves väikeaju ja silla liitekohas esinevad kasvajad võivad kahjustada tasakaalu ja kuulmist vahendavat kaheksandat närvi, aga ka üheksandat närvi. Massid kägiluuava lähedal võivad suruda üheksandat, kümnendat ja üheteistkümnendat närvi. Difteeria võib põhjustada üheksanda närvi halvatuse. Neelamisega seotud teadvusetuse hood, mida nimetatakse neelamise minestuseks, on üheksanda ja kümnenda närvikahjustuse haruldased tüsistused.
Glossofarüngeaalsete närvide kõrvalekalded põhjustavad neelamisraskusi. Mõjutatud patsiendid märkavad keele ja suulae ühe kolmandiku tagumise osa maitse halvenemist. Puudutustunne või valu keele, suulae ja kõri tagumises osas võib väheneda. Nendel juhtudel oksendamise refleks puudub. Parotiidnäärme talitlushäired põhjustavad sülje tootmise vähenemist ja suukuivust.
Sekunditest minutiteni kestvate hoogude korral on glossofarüngeaalne neuralgia seisund, mille korral korduvad piinavad valuhood kõrvas, kurgus, mandlites ja keeles. Neuralgia põhjuseks on glossofarüngeaalnärvi ärritus, mis on põhjustatud lähedal asuvatest veresoontest, kasvajatest, kasvajatest või koljupõhjas, suus või kurgus esinevatest infektsioonidest. Valuhoogude käivitavad tegevused hõlmavad neelamist, rääkimist, naermist, köhimist või närimist. Tugevalt valusate episoodidega on esinenud aeglast südame löögisagedust ja minestamist. Kui kirurgiline ravi ei ole ilmne, on krambivastased ravimid, nagu gabapentiin, fenütoiin ja karbamasepiin, ning mõned antidepressandid, nagu amitriptüliin, sümptomite leevendamisel tõhusad.
Neurokirurgilistel operatsioonidel koljupõhja lähedal on oht kraniaalnärvi, sh glossofarüngeaalnärvi vigastuste tekkeks, mida saab haigusjuhtumi ajal jälgides vältida. Närvitüvede elektriline stimulatsioon ja elektromüograafilised salvestised hõlbustavad kraniaalnärvide tuvastamist enne operatsiooni algust. Need meetodid jälgivad ka kraniaalnärve koljupõhjas paiknevate kasvajate kirurgilise eemaldamise ajal. Kasvaja eemaldamise edenedes saab kirurg veenduda, et närvi kirurgilist traumat ei juhtu, jälgides muutusi reaktsioonide suuruse, kuju ja kontuuri osas.