Basaaleesaju koosneb piirkondade rühmast aju alumises ehk basaalpiirkonnas. Kuigi selle funktsioone ei mõisteta hästi, on see oluline neurotransmitteri atsetüülkoliini tootjana. On teada, et sellel on mõju tähelepanule, refleksidele ja õppimisele. Degeneratsioon basaal-eesajus on seotud Alzheimeri tõvega.
Puudub suur kokkulepe selle kohta, millised piirkonnad moodustavad eesaju põhiaju. See on osaliselt tingitud sellest, et need piirkonnad jagavad saatjaid ja konnektoreid teiste ajuosadega ning osaliselt seetõttu, et nende füüsilised piirid on ebaselged – nende neuronid võivad levida ja jagada ruumi teiste ajustruktuuridega. Basaaleesaju koosneb suures osas piirkonnast, mida kunagi tunti substantia innominata ehk “nimeta piirkonnana”, kuna selle funktsioon oli mõistatus. See koosneb kolmest piirkonnast – basaaltuum, laiendatud amygdala ja ventraalne striatopallidum – kuigi igaüks neist sisaldab väiksemaid alampiirkondi.
On tehtud edusamme selle mõistmisel, millist eesmärki eesaju basaalpiirkonnad teenivad. Selle toodetav atsetüülkoliin suurendab tähelepanu ja võimaldab teadlikku teadlikkust. Suurem osa aju atsetüülkoliinist toodetakse siin basaaltuumas. Seda kolinergiliste rakkude või atsetüülkoliini sisaldavate rakkude suurt kontsentratsiooni peetakse spetsialiseerumiseks, mis tähistab erinevust primaatide ja madalamate eluvormide vahel. Loomadel, näiteks rottidel, puudub see spetsiaalne kolinergiline rada ja nad toodavad selle asemel atsetüülkoliini oma ajukoores.
Sellel kolinergilisel süsteemil on teatav seos ärevusega. See on võimeline aktiveerima kaitsereaktsiooni valjule helile, mis võimaldab tegutseda kiiremini kui siis, kui infot tuleks ajukoores töödelda. Basaal-eesaju neuronid osalevad ka motoorses juhtimises ja temperatuuri reguleerimises.
On näidatud, et eesaju on seotud õppimise ja mälu kujunemise aju eesmärgi- ja tasustamiskeskustega. Üks selle alampiirkondi, nucleus accumbens, on hästi tuntud kui tasustamiskeskus ja arvatakse, et see vastutab neurotransmitteri dopamiini vabanemise eest, mis tekitab ravimite eufooriat. Nucleus accumbens osaleb ka ravimite ärajätunähtudes. Teadlased on uurinud seoseid selle piirkonna ja sõltuvuskäitumise vahel.
Arvatakse, et see kolinergiline süsteem on oluline aju vigastusest taastumise võimaldamisel. Selle piirkonna kahjustused on seotud mälukaotusega. Alzheimeri tõvega patsientidel on täheldatud selle piirkonna kahjustusi või atsetüülkoliini puudust.