Amülaasi, tärklisi ja liitsuhkruid lihtsuhkruteks lagundava ensüümi struktuur on tavaliselt üsna lihtne, kuid ensüümil on oluline roll süsivesikute seedimisel. Sellel molekulil on kaks erinevat variatsiooni, mida nimetatakse alfa-amülaasiks ja beeta-amülaasiks. Inimkehas on kahte tüüpi alfa-amülaasi, üks süljes ja teine kõhunäärmes. Mõlemad molekulid on olulised süsivesikute seedimisel, kuna keha ei saa seedida keerulisi suhkruid ja tärklisi ilma neid eelnevalt lagundamata. Beeta-amülaasi inimkehas ei leidu ning seda leidub tavaliselt taimedes ja seemnetes.
Kuigi amülaasi struktuur ja tüüp võivad organismide lõikes erineda, on kõigil amülaasi molekulidel ühised omadused. Alfa- ja beeta-amülaasid sisaldavad mõlemad struktuuri, mida nimetatakse tünnipiirkonnaks, mis annab suure osa ensüümi üldisest kujust. Kõigil ensüümidel on ka oluline piirkond, mida nimetatakse aktiivseks saidiks. See on ensüümi osa, mis seostub komplekssuhkru või tärklisega, et seda lagundada. Süsivesikute lagunemise protsess aktiivses kohas hõlmab interaktsioone mitme aatomirühma ja ioonide vahel nii aktiivses kohas kui ka süsivesikute molekulis.
Inimkehas on amülaasi struktuur sarnane olenemata sellest, kas seda leidub süljes või kõhunäärmes. Mõlemad inimese amülaasi variandid on väikesed molekulid, mis koosnevad ühest ehitusplokkide ahelast, mida nimetatakse aminohapeteks. Aminohappeahel moodustab kolm erinevat piirkonda, mida nimetatakse domeenideks, ja igal domeenil on spetsiifiline bioloogiline funktsioon, mis aitab kaasa süsivesikute lagunemisele. Kaks neist domeenidest on omavahel tihedalt seotud, samas kui kolmas domeen võib amülaaside vahel oluliselt erineda. Vaatamata sarnasusele ei ole sülje ja pankrease amülaasid omavahel asendatavad; pankrease amülaas lõpetab tavaliselt töö, mille alustas sülje amülaas.
Kuigi amülaasi struktuur on tavaliselt lihtne, on mõned variandid, mis on enamikust oluliselt keerulisemad. Enamik alfa-amülaase on pikkusega väga sarnased, kuid mõned voldivad rohkem kui kolmeks ühiseks domeeniks. Mõned beeta-amülaasid on alfa-amülaasidega võrreldes tohutud, sisaldades ühe aminohappeahela asemel nelja eraldiseisvat aminohappeahelat. Sel juhul ehitatakse amülaasi struktuur neli korda suurem kui enamik teisi. Paljud tuttavad toidukultuurid sisaldavad seda tüüpi amülaasi, sealhulgas oder, sojaoad ja bataadid, kuid amülaasi molekuli suurus ei paranda ega vähenda taime toiteomadusi.