Aju võib jagada kaheks piirkonnaks. Ajutüvi on aju osa, mis ulatub allapoole seljaaju poole. Ajupoolkerad sisaldavad aju kortsus väliskihti, mida nimetatakse ajukooreks, ja mõnda sügavamat struktuuri, sealhulgas basaalganglionid, hipokampus ja amügdaloidi tuumad.
Ajupoolkera koosneb peamiselt vaolisest hallist ainest, mille sisemine kiht on valget ainet. Aju hallaine sisaldab neuronirakkude kehasid. Valgeaine on seevastu valge, kuna see sisaldab müeliniseerunud aksoneid, mis ulatuvad neuroniraku kehast. Hallaine kortsude harju nimetatakse gyrideks ja sooni nimetatakse sulcideks või lõhedeks. Tsentraalne sulcus on üks silmapaistvamaid vagusid, mis eraldab pretsentraalset ja posttsentraalset gyri. Pretsentraalne gyrus on seotud motoorsete funktsioonidega, samas kui posttsentraalne gyrus kontrollib sensoorset sisendit.
Iga ajupoolkera võib jagada neljaks lobaks, millest igaühel on erinevad funktsioonid. Otsmikusagara, mis katab otsmikutaguse ala ja pea ülaosa, on seotud planeerimise ja liikumisega. Parietaalsagara, mis asub vahetult otsmikusagara taga, haldab sensoorset teavet. Kolju põhjas asuv kuklasagara on seotud nägemisega ja oimusagara, mis asub aju küljel kõrvade taga, juhib kuulmist.
Ajupoolkerad kontrollivad keha kontralateraalseid külgi, mis tähendab, et parem ajupoolkera kontrollib keha vasakut poolt ja vastupidi. Parema käe sensoorne teave läheb näiteks üle vasakusse ajupoolkera, kus seda töödeldakse. Parema käe liigutamiseks peab signaal tulema aju vasakust küljest ja uuesti üle minema.
Suur närvikimp, mida nimetatakse corpus callosumiks, ühendab vasakut ja paremat ajupoolkera. Need kaks poolkera ei ole alati täpselt sümmeetrilised ja võivad olla mõnevõrra spetsialiseerunud. Näiteks Wernicke piirkond ja Broca piirkond, kaks kõnega seotud ajuosa, asuvad mõlemad vasakul ajupoolkeral.
Ajupoolkerade sügavamad osad on samuti kriitilise tähtsusega aju toimimiseks. Basaalganglionid, ajukoorega tihedalt seotud tuumade kogum, reguleerivad motoorset liikumist. Hipokampus on seotud mälu salvestamise ja taastamisega. Amügdaloidsed tuumad kontrollivad emotsionaalseid reaktsioone, eriti sellistele emotsioonidele nagu viha ja hirm.