Traditsiooniline basiiliku pesto sisaldab rohkelt oliiviõlist, juustust ja pähklitest saadud rasva. Kuigi õlist ja pähklitest saadud rasvad on küllastumata ja neid peetakse üldiselt südametervislikeks, võib kokk soovida valmistada tervislikku pestot, milles on vähem rasva ja vähem kaloreid, jättes mõned või kõik rasvarikkad koostisosad välja. Kokk võib ka juustu välja jätta või tervislikuma pesto asemel asendada väiksema rasvasisaldusega versiooniga. Kui basiilikut pole käepärast, võib ta selle asendada teiste rohelistega, näiteks rukola või lehtkapsaga.
Tavaliselt lisatakse pestole maitse ja tekstuuri saamiseks pähkleid, nagu piiniapähklid või kreeka pähklid. Pähklid lisavad roale nii rasva kui ka veidi valku. Tervisliku pesto valmistamiseks võib kokk vähendada retsepti lisatud pähklite hulka. Näiteks kui retseptis nõutakse 1/4 tassi (25 grammi) piiniaseemneid, võib ta vähendada kogust 2 supilusikatäit (12 grammi). Kreeka pähklites on palju oomega-3 rasvhappeid, nii et kokk võib soovida neid piiniaseemnete asemel kasutada.
Tervisliku pesto kalorikoguse veelgi vähendamiseks võib kokk vähendada parmesani või muu kõva tugeva juustu tarbimist. Kokk saab muuta pesto veganiks, asendades parmesani pehme või siidise tofuga. Ta võib kasutada ka osaliselt kooritud ricotta juustu koos väikese koguse parmesaniga. Ricotta või tofu lisab kastmele ka valgusisaldust. Maitsekama versiooni saamiseks võib ta proovida asendada parmesani ja oliiviõli kitsejuustuga.
Paljudes pesto retseptides võib õli sisaldust vähendada ka kuni poole võrra, et vähendada kaloreid ja rasva. Õli vähenemise korvamiseks peab kokk lisama veel ühe vedeliku. Pesto vedeldamiseks võib kasutada vett. Sidrunimahl lisab kastmele veidi maitsmist. Kui vähendate oliiviõli kogust, peaks kokk kasutama parimat õli, mida ta suudab leida, et selle maitse läbi paistaks.
Tervislik pesto ei piirdu ainult basiilikulehtedega. Mõned kokad asendavad basiiliku peterselliga, eriti talvekuudel, kui värsket basiilikut ei pruugi saada. Teine võimalus on kasutada rukolat, mis annab pestole piprase maitse. Toitainete lisamiseks võib kokk pestole basiiliku kõrvale lisada peotäie lehtkapsast.