Erinevalt koogikestest on muffinid leivaga tihedamalt seotud, kuna need võivad olla soolased või magusad, nõuavad vähem suhkrut ja sisaldavad tavaliselt vähem kiiret. Paljudel inimestel võib olla raskusi heade omatehtud muffinite tavapärase valmistamisega, kuna nad järgivad koogikeste küpsetamisel samu üldisi juhiseid. Parimad näpunäited muffinite valmistamiseks on mitte segada koostisosi üle ja kasutada ainult värskeid tooteid. Samuti on oluline tagada, et muffinid kerkiksid korralikult, kasutades ühtlaseid mõõte ja jälgides ebaühtlast küpsemist.
Koduste muffinite valmistamisel on oluline koostisained korralikult segada, et vältida kuiva, raske või kareda tekstuuri tekkimist. Tavaliselt segatakse märjad koostisosad kuivadest koostisosadest eraldi, enne kui need lõpuks kokku segatakse. Paljud pagarid soovitavad koostisained käsitsi segada, et vältida liigset segamist. Tavaliselt on eesmärk saada tükiline tainas, kus kuivad koostisosad on lihtsalt niisutatud. Nii peaksid saama kerged ja kohevad muffinid, mis kerkivad hästi.
Kuigi segamismeetod on oluline, on oluline ka koostisosade kvaliteet. Mõned inimesed soovitavad kasutada niiskeid koostisosi toatemperatuuril, et tagada parem segunemine ja kiirem küpsetamine. Eelistatakse ka värskeid koostisosi, eriti värsket söögisoodat ja küpsetuspulbrit, kuna see aitab muffinitel kõrgemale kerkida. Lisatud koostisained, nagu pähklid ja kuivatatud puuviljad, tuleks enne taignale lisamist ka jahuga üle määrida, sest nii ei pruugi need küpsetamise ajal isetehtud muffinite põhja vajuda. Need võib asetada ka taigna peale vahetult enne segu ahju panemist.
Mõned inimesed võivad arvata, et muffiniseguga kõrgemal täidetud tassid annavad omatehtud muffinitele suuremad pealsed; kuid see võib tegelikult põhjustada lamedaid pealse, mis valgub pannile üle. Selle põhjuseks on asjaolu, et tassides ei ole piisavalt ruumi taigna täielikuks kerkimiseks ja kohevaks muutumiseks. Selle asemel tuleks tassid täita umbes kahe kolmandiku kuni kolmveerandi ulatuses. Tagamaks, et igas tassis oleks sobiv kogus tainast, võib kasutada jäätiselussi või supikulpi. Pokaalide põhjade ja külgede poole pealt määrimine võib samuti aidata kaasa suuremate muffinipealsete loomisele.
Oluline on jälgida, et isetehtud muffinid küpseksid ühtlaselt. Esimene viis seda teha on tavaliselt veenduda, et ahi on täielikult eelsoojendatud. Paljud inimesed soovitavad ka enne plaadi ahju panemist tühjadesse tassidesse vett lisada. See võimaldab kuumusel ühtlaselt jaotuda ja võib isegi takistada panni deformeerumist. Mõned pagarid soovitavad panni isegi ahjuplaadile asetada, et muffinite põhjad ei küpseks üle.