Mikrolaineahju koogi valmistamisel tuleks kasutada spetsiaalselt mikrolaineahju jaoks loodud ahjunõusid. Mikrolaineahju pöördaluse kasutamine on väga soovitatav, kuna see tagab ühtlase toiduvalmistamise. Kui pruun suhkur on üks koostisainetest, on kasulik see kõigepealt pehmendada, asetades mikrolaineahju kaussi koos veega ja kuumutades kõrgel temperatuuril 60 sekundit. Ka või või margariin tuleb enne mikrolaineahju koogi retseptile lisamist pehmendada. Seda saab teha 15 sekundit kõrgel kuumutamisel. Šokolaadiruutude kasutamine koogiretsepti jaoks nõuab samuti esmalt pehmendamist, kuigi see võtab tavaliselt vähemalt 90 sekundit ja seda tuleks teha keskmise võimsusega.
Kui mikrolaineahjus pöördalus puudub, tuleb küpsetusnõu käsitsi pöörata. Seda saab teha poole küpsetusaja pealt kaussi keerates. Nii väldite niiskeid kohti või ebaühtlaselt küpsenud kooki.
Veel üks näpunäide mikrolaineahjus koogi küpsetamisel on kasutada teatud tüüpi määrdeainet või küpsetuspihustit, et koogisegu kausi külge ei jääks. Kui kasutad küpsetusnõu või võid, tuleks seda väga kergelt ja ühtlaselt kanda küpsetusnõu põhjale ja ka külgedele. Küpsetussprei toimib siiski paremini, kuna see moodustab väiksema tõenäosusega tükke.
Paljud inimesed eelistavad küpsetada mikrolaineahjus kooki nullist, sest see annab neile kontrolli kasutatavate koostisosade üle. Karbist valmistatud koogisegu kasutamine on aga täiesti vastuvõetav. Ükskõik, millist meetodit kasutatakse, pole ilmselt hea mõte proovida mikrolaineahjus küpsetada naelakooki või mis tahes väga paksu konsistentsiga kooki. Kerge tekstuuriga koogi jaoks ei tohiks tainast paljude koostisosadega üle täita.
Mikrolaineahju koogi valmistamisel munade kasutamisel on puudus. Kuigi enamikus koogiretseptides võib nõuda ühte või kahte muna, võivad munad tekitada mikrolaineahjus küpsetades kummise tekstuuri. Selle probleemi saab kõrvaldada, asendades munad mõne muu koostisosaga. Alternatiivina võib kasutada beseepulbrit või õunakastet. Peamine on katsetada, et teada saada, millised koostisosad kõige paremini töötavad.
Üks oluline reegel, mida mikrolaineahjus koogi küpsetamisel meeles pidada, on see, et see ei tohi ära kuivada. Selle saavutamiseks on võimalik katta kook küpsetamise ajal kilega. Samuti tuleks pärast valmis koogi mikrolaineahjust väljavõtmist see kohe kinni katta.