Kui septik ei ole korralikult projekteeritud, kasutatud või hooldatud, võib tekkida probleeme. Levinumad septikuprobleemid hõlmavad tavaliselt ummistusi, ebameeldivaid lõhnu ja vee saastumist. Septikuga seotud probleemid võivad olla väga ebameeldivad ja mõnel juhul on nende parandamine väga kulukas. Nende probleemide põhjuste mõistmine võib olla septikupaagi nõuetekohase hoolduse ja hoolduse tagamiseks hädavajalik.
Liigne kasutamine on septikuprobleemide peamine põhjus, nagu ka paagi vajaduse korral pumpamata jätmine, kuna see soodustab tahkete ainete kogunemist. Iga septik vajab ka katuse tuulutusavasid, mis tagavad, et rõhk süsteemis püsib ühtlaselt. Kui need õhuavad on vigased või ummistunud, võivad need põhjustada lõhna.
Liiga palju vett septikus võib suruda tahked ained leostusväljale, mis võib põhjustada ummistusi või kahjustada keskkonda. Süsteemi ülekoormamine liigse veega võib samuti põhjustada selle rikke või väljalülitumise.
Teisest küljest võib liiga vähe vett põhjustada ka probleeme, sealhulgas bakterite hävitamist süsteemis. Septikutes tekkiva lämmastiku neutraliseerimiseks on vaja baktereid. Kui süsteemis on liiga palju lämmastikku, võib see põhjustada joogivee saastumist.
Sobimatute esemete kõrvaldamine septikusse on veel üks septikuprobleemide eest vastutav süüdlane. Tualettruumi või kanalisatsiooni tohib alla lasta ainult biolagunevaid esemeid. Mittebiolagunevad esemed ummistavad torusid ja põhjustavad jäätmete lekkimist pinnasesse. Plastikud on eriti rasked, kui mitte võimatud, et septikusüsteem laguneks.
Õli septikutesse panemine põhjustab samuti probleeme. Õlil ei ole aega laguneda ja see ummistab ülemise kambri ja sisselaskeava äravoolu. Tulemuseks on ebameeldiv lõhn ja septikupaagi tühjendamise raskused, kui aeg saabub. Liigne kogus toiduosakesi võib samuti oma osa septikuga seotud probleemides ja seda tuleks piirata.
Kemikaalid võivad süsteemi kahjustada ning värvid, lahustid või pestitsiidid võivad septiku täiesti kasutuks muuta. Need võivad viia ka selleni, et süsteem muutub keskkonnale ohtlikuks. Tugev kemikaalide või pulbriliste puhastusvahendite kasutamine võib samuti kaasa aidata lämmastiku kogunemisele.
Kui süsteem hakkab levitama ebameeldivat lõhna, on see kindel märk septiku probleemist. See võib olla midagi nii lihtsat kui vajadus puhastada katuse ventilatsiooniavad või see võib tähendada, et süsteemi tuleb pumbata. See võib tähendada ka ülevoolusüsteemi riket.