On palju autoimmuunhaigusi ja need seisundid põhjustavad organismis immuunvastuse loomist millelegi, mida ta ei peaks. Teisisõnu, keha pöördub enda sisse, rünnates üht või mitut kehasüsteemi ja käsitledes neid kui võõraid. Kuna see võib esineda erinevates kehasüsteemides, võivad tavalised autoimmuunsümptomid olla erinevad ja mõned võivad tegelikult olla teiste vastandid. Sellegipoolest on võimalik vaadelda mõningaid sümptomeid ja näha neid asjadena, mis võivad ilmneda autoimmuunhaiguse korral, kuigi nende sümptomite esinemine võib viidata ka teistele haigustele.
Peaaegu iga autoimmuunhaiguse korral võivad inimesed kannatada väsimuse või kroonilise väsimuse all. Hommikul võib olla raske voodist tõusta ja tavalised tegevused võivad tunduda väsitavad. Kui see seisund kestab mõnda aega ilma paranemiseta, isegi kui inimesed teevad asju, näiteks parandavad oma treeningtaset ja toitumist, on see sümptom, mida tasub uurida. Väsimus võib olla sümptomiks ka sellistele seisunditele nagu südamepuudulikkus, kõrge vererõhk või teatud haigus, mis ei ole olemuselt autoimmuunne. Mõned inimesed, kellel on Grave’i tõve tõttu kõrge kilpnäärme tase, võivad kannatada vastupidises suunas ja nad ei saa magada või neil on unetus.
Veel üks levinumaid autoimmuunseid sümptomeid on madalam vastupanuvõime tavalistele haigustele. Kuigi enamik täiskasvanuid võib oodata paar külmetushaigust või viirust aastas, võivad pidevad haigused, kus külmetushaigused või viirused esinevad palju sagedamini või peaaegu alati, viidata immuunsüsteemi kahjustusele. Mõned inimesed saavad ka sagedasi infektsioone, nagu kopsupõletik või põie- ja neerupõletik. Probleemidele võib viidata ka see, et te ei suuda tavalistest külmetushaigustest ja viirustest kiiresti taastuda. Sagedaste infektsioonide korral on näidustatud kaks tuntud haigust, milleks on luupus ja HIV/AIDS.
Isegi ilma teiste haigusteta võib krooniline palavik olla autoimmuunseks sümptomiks. Teise võimalusena on mõnel inimesel probleeme kehatemperatuuri reguleerimisega vastupidises suunas ja neil on alati külm või neil on väga külmad käed ja jalad. See kehtib eriti selliste seisundite puhul nagu Hashimoto türeoidiit.
Mõned tavalised autoimmuunsümptomid, mis võivad olla seotud selliste seisunditega nagu reumatoidartriit, hõlmavad valu ja valulikkust. On mitmeid muid haigusi, millel võib see sümptom olla. Valu võib eriti tunda liigestes.
Teatud autoimmuunhaigustega inimesed võivad märgata muutusi juustes – võib tekkida kiilaspäisus või haprad juuksed. Teised autoimmuunhaiguse tavalised sümptomid võivad mõjutada nahka kahjustuste, lööbe, tekstuuri või värvuse muutustega.
Areneva autoimmuunhaigusega inimestel võib kaal üsna dramaatiliselt muutuda, kas kaalust alla võtta või juurde võtta. Mõnikord võivad ka sellised asjad nagu meeleolu muutuda ja depressiooni tekkimine pole haruldane. Enamik inimesi arvab, et autoimmuunsed seisundid on seotud täiskasvanutega, kuid lastel on üheks tavaliseks autoimmuunseks sümptomiks kasvupeetus, eriti noorematel lastel.
On palju muid autoimmuunseid sümptomeid, mis on igale haigusele omased. Üks või kaks haigusseisundi sümptomit ei pruugi tingimata diagnoosi panna. Inimestel, kes tunnevad muret, et neil võib olla autoimmuunhaigus, on parem rääkida oma arstiga. Arstid saavad haigusseisundeid diagnoosida (või need välistada) ja aidata patsientidel leida parimat võimalikku ravi.