On palju erinevaid munadeta muffineid, mida tavaliselt küpsetatakse munaallergikutele, kes on teadlikud oma kaalust või neile, kes on veganid. Mõned valikud on puu- ja juurviljadega, näiteks banaani-, porgandi-, kõrvitsa- ja marjamuffinid, kuna retseptis sisalduvatel puu- ja juurviljadel on oma mahlad, mis muudavad muffinid pehmeks ka ilma munata. Teine valik on munadeta šokolaadimuffinid ning terviseteadlikumatele kõrbesööjatele on võimalik valmistada täistera-, kaeraklii- ja maisimuffinid.
Banaanimuffinid on munadeta muffinid, mida saab hõlpsasti valmistada ilma munadeta või munaasendajateta. Muffinite konsistents on tavaliselt endiselt pehme, kuigi mune sisaldavate banaanimuffinite raskema tekstuuriga võrreldes käsnlikum. Pehmema konsistentsi saamiseks võib retseptis kasutada üleküpsenud banaane ja muscovado suhkrut. Porgandimuffinite munavaba versioon saab hõlpsasti hakkama ka ilma retseptis olevate munadeta, kuigi mõned leidlikud pagarid kasutavad munaasendajana paari üleküpsenud banaani. Pruuni suhkru kasutamine retseptis aitab toota ka niiskeid porgandimuffineid.
Mõned munavabad muffinid seevastu vajavad retseptis munaasendajaid, näiteks kõrvitsamuffinid. Mõnes retseptis kasutatakse siidist tofut, kõige pehmemat tüüpi tofut, samas kui teistes retseptides soovitatakse kasutada jogurtit, olgu see siis piim või sojast saadud. Mitmed retseptid sisaldavad ka tooteid, mida nimetatakse munaasendajateks, mis on kaubanduslikult saadaval supermarketites ja tervisetoidupoodides. Marjamaffinites, nagu mustika-, jõhvika- ja maasikamuffinid, võib kasutada ka eelnimetatud munaasendajaid, kuid mõnes retseptis kasutatakse munade asendamiseks lihtsalt õunaäädikat. Selle tulemuseks on aga kergema tekstuuriga muffin, mida saab tasakaalustada, lisades veidi linaseemnepulbrit, et luua raskem konsistents ja lisada rohkem kiudaineid.
Šokolaadimuffinid sobivad hästi veganitele ja munaallergikutele, kes soovivad siiski maiasmokkadele järele anda. Munade puudumise kompenseerimiseks võivad pagarid kasutada äädikat, tumepruuni suhkrut ja oliivi- või rapsiõli, kuna need on teistest toiduõlidest tihedamad. Petipiima võib lisada ka rammusamate, niiskemate muffinite jaoks. Teraviljapõhised muffinid on kiuliste koostisosade tõttu üldiselt raske konsistentsiga, nii et taigna tiheduse vähendamiseks kasutatakse mune. Seda tüüpi munadeta muffinite asemel võib kasutada õunasiidri äädikat, õunakastet või kaubanduslikku munaasendajat.