Juustukoogi koostisosi on kolme peamist tüüpi. Need on need, millest valmistatakse põhi, põhiline juustukoogisegu ise ja lisandid või lisamaitseained. Teatud tüüpi juustukook, näiteks küpsetatud New Yorgi juustukook, võib nõuda ainult kahte esimest juustukooki. Väga erinevatest juustukoogi koostisosadest on võimalik valmistada kahte väga erinevat juustukooki, kuid pehme juustu põhikoostisosa kasutamisel on üks läbiv teema.
Esimene valmistatav juustukoogi osa on tavaliselt põhi. Küpsised purustatakse tavaliselt ja seotakse seejärel põhjaks sulavõiga kokku. Siin on võimalik sisse segada ka veidi suhkrut või siirupit. Tavaliselt kasutatakse seedimist soodustavaid küpsiseid, kuid erineva tekstuuri või maitse saamiseks võib kasutada purustatud kreekereid ja muid kõvasid või kuivi küpsiseid. Mõned juustukoogid kasutavad selle asemel käsnapõhja, mis kasutab traditsioonilisi käsna koostisosi, nagu jahu, munad, suhkur ja või.
Tavaline külm juustukook, mis ei vaja külmutamist, sisaldab mitmeid tavalisi juustukoogi koostisosi. Peamine koostisosa on pehme juust. See võib olla tavaline pehme juust, mascarpone või kaubamärgiga juust. Pehme juustu saab segada mitmete teiste juustukoogi koostisosadega, et saada erinevaid maitseid. Muud segistitena kasutatavad tavalised koostisosad on koor või mahl, sulatatud valge šokolaad ja topeltkoor.
Šokolaadijuustukoogid aga segavad pehme juustu kakaopulbri ja/või sulatatud tumeda või piimašokolaadiga. Teiste šokolaadi-juustukoogi koostisainete hulka kuuluvad munad, hapukoor, tuhksuhkur ja isegi vanillikaste. See oleneb valmistatava šokolaadi-juustukoogi olemusest ja järgitavast retseptist.
Küpsetatud juustukoogi koostisosad erinevad veidi külmematest. Peamine erinevus on jahu ja munade olemasolu. Need on küpsetusprotsessi lahutamatud osad. Muud küpsetatud juustukookide (nt New Yorgi juustukook) valmistamiseks kasutatavad juustukoogi koostisosad hõlmavad vaniljeekstrakti ja mõnikord küpsetuspulbrit.
Paljudel juustukookide tüüpidel on täiendavaid maitseaineid. Maitseaineid on kahte peamist tüüpi: need, mis on juustukoogi sees, ja need, mis asetatakse juustukoogi peale. Paljudel Ameerika küpsetatud juustukookidel on juustukoogisegu sees karamelli-, šokolaadi- või puuviljamaitselised keerised, mis annavad sellele marmorjas efekti. Need juustukoogi koostisosad on üsna lihtsad segud suhkrust ja puuviljamaitseainetest või sulašokolaadist.
Inglise juustukoogid, nagu Devonshire’i juustukook ja paljud teised, panevad valmis juustukoogile ka puuviljaviile. Juustukoogi peale asetatavate puuviljade hulka kuuluvad mangod, maasikad, vaarikad ja väikesed apelsinid, nagu klementiin ja mandariin. Neid kombineeritakse sageli sama maitsega puuviljasiirupi ja vahukooretükkidega. Võimalikel juustukoogi koostisosadel, mida juustukoogi peale panna, pole sisuliselt mingeid piiranguid; kõik taandub maitsele.