Marju serveeritakse sageli hommiku- ja hommikusöögiks, nii et nende lisamine marjakohvikoogile sobib loomulikult. Mustikad on kohvikookide maitsestamiseks sagedased lemmikud, samuti kasutatakse sageli maasikaid. Tugevama maitse ja piduliku punase värvi saamiseks on jõhvikad ja rabarberid paljudes marjakohvikoogi retseptides. Kohvikookidele marja maitse lisamiseks kasutatakse ka murakaid, vaarikaid ja marjamoosi.
Erinevates marjakohvikoogi retseptides on mustikad, mida saab kasutada nii värskelt, konserveeritult kui ka külmutatult. Lisaks tavalisele mustikakohvikoogile on variatsioonides mustika-valgešokolaadikohvikook, naturaalne vahtra-mustika kohvikook ja lihtne sidrunimustikakohvikook. Petipiima kasutatakse vanaaegse mustika-peti kohvikoogi maitse tugevdamiseks, viilutatud mandlid ja mandliekstrakt lisavad mustika-mandli kohvikoogile pähklise maitse. Mustika virsiku kohvikook ühendab mustikamuffinisegu konserveeritud viilutatud virsikutega.
Lisaks pidulikule värvile võivad jõhvikad marjakohvikoogile lisada nii hapukat kui ka magusat maitset. Jõhvikakohvikooki saab valmistada külmutatud või värsketest jõhvikatest, mis segatakse köögikombainis suhkruga. Jogurti-jõhvikakohvikoogi valmistamiseks kasutatakse tervet jõhvikakastet, jõhvika vanilje kohvikoogi maitsestamiseks kasutatakse vaniljekaunast. Toekama kohvikoogi, näiteks pekanipähklite jõhvika, saab valmistada, lisades hakitud pekanipähklit ja pruuni suhkrut. Pirni-jõhvika kohvikoogi valmistamisel on kasutatud jõhvika-apelsini kiirleiva segu, viilutatud pirne ja kaneeli.
Rabarberit kombineeritakse sageli marjadega ja seda kasutatakse erinevates marjakohvikoogi retseptides, näiteks “sinibarberi” kohvikook, mis ühendab värsked ja külmutatud mustikad värske või külmutatud rabarberiga. Maasika magusus võib marjakohvikoogile lisada nii suvist soosingut kui ka värvi. Maasika-rabarberikohvikook on kombinatsioon magusatest ja hapukatest maitsetest ning see on valmistatud hakitud, värske rabarberi ja külmutatud, magustatud viilutatud maasikatest. Värskeid viilutatud maasikaid saab kasutada maasikakohvikoogis, maasika-hapukoorekohvikoogis aga maisitärklisest, viilutatud maasikatest ja suhkrust valmistatud maasikamoosi.
Mõnda tüüpi marjakohvikookide maitsestamiseks kasutatakse vaarikaid, murakat ja moosi. Murakad on staar murakakohvikoogis, mis on jäätunud marjamahla ja kondiitri suhkruga. Vaarikad on populaarsed ka kohvikoogi valikud ning külmutatud vaarikaid kasutatakse vaarika-toorjuustukoogis. Mõned marjakohvikoogid sisaldavad mitme marja segu või marjadest valmistatud moosi.