Parimate šokolaadiküpsiste valimine on suuresti isikliku maitse küsimus. See küpsisetüüp on väga paindlik ja seda saab valmistada mitmel viisil, lõpptulemus kvalifitseerub siiski šokolaadiküpsisteks. Erinevused tulenevad suuresti kasutatud šokolaadi tüübist, taigna rasvast, küpsetusajast ja ainulaadsetest lisanditest, nagu värsked vaniljekaunad või makadaamiapähklid. Mõned peavad parimateks šokolaadiküpsisteks neid, mis meenutavad kõige enam seda, mida nad heast restoranikogemusest mäletavad, samas kui teised otsivad küpsiseid, mis maitsevad vastavalt paletile isetehtud. Õnneks on saadaval lai valik küpsiseid ja retsepte, mis sobivad peaaegu igale arvamusele parima tüübi kohta.
Üks levinud, kuigi mõnikord tundmatu erinevus parimate šokolaadiküpsiste puhul on kasutatud rasva tüüp. Väga pehme küpsise saab valmistada ja kaua pehmena hoida, kasutades searasva. Võist saab rikkalikuma maitse, kuigi küpsised kipuvad pärast jahtumist rabedaks muutuma. Mõned müügil olevad küpsised kasutavad rasvana neutraalseid õlisid, mis võimaldavad teistel koostisosadel, nagu jahu ja munad, julgemalt läbi tulla kui teistes preparaatides. See šokolaadiküpsiste element on aga eelkõige oluline eelvalmistatud küpsiste ostmisel, mitte koduse retsepti valimisel.
Kasutatava šokolaadi tüüp, stiil ja suurus võivad samuti aidata kindlaks teha, millised šokolaadiküpsised on parimad. Paljud eelistavad piimašokolaadi, samas kui teised eelistavad tumedat šokolaadi või mõru-magusat. Ka tükkide suurus võib muutuda, olgu need suured kommitaolised tükid, mis on iga hammustuse kohta erinevad, või väikesed tükid, mis ainult taigna maitset rõhutavad.
Šokolaadiküpsistele lisatavad lõhna- ja maitseained võivad oluliselt muuta, milliseid peetakse parimateks. Hea kogus suhkrut võib mõnikord olla väga soovitav, teinekord aga võib see küpsises oleva šokolaadi varjutada. Soola osakaal võib maitset tugevdada või viia küpsise tekkimiseni, millel on ebasoovitav hammustus. Samamoodi võib erinevates vormides lisatud vanillikogus muuta küpsise koogitaolise maitsega või liiga mahedaks.
Mõned šokolaadiküpsised sisaldavad retseptis pähkleid. Parimaid küpsiseid valides leiavad mõned inimesed, et pähklid on asendamatu maitsekomponent. Teised näevad pähkleid mittevajaliku täiteainena ja väldivad neid täielikult. Lõppkokkuvõttes taandub otsus selle kohta, milline on parim šokolaadiküpsis, seda sööva inimese maitse.