Laktoosi kogus kodujuustus võib sõltuvalt selle valmistamise protsessist oluliselt erineda. Kuigi see juust sisaldab alati veidi laktoosi, ei sisalda see fermenteeritud piimatoodetega valmistatud juustu palju ja tavaliselt taluvad seda hästi inimesed, kellel on probleeme laktoosi seedimisega. Fermentatsiooniprotsess võimaldab juustu bakteritel laktoosi lagundada ja piimhappeks muuta. Muudel protsessidel hapendatud kodujuust võib sisaldada märkimisväärses koguses laktoosi.
Kui kodujuust on valmistatud traditsioonilisel viisil, sisaldab see vaid vähesel määral laktoosi. Traditsioonilises protsessis kasutatakse juustu alusena petipiima, mis on fermenteeritud piimatoode. Petipiima valmistamiseks lisatakse piimale bakteriaalne juuretis ja seejärel jäetakse piim 15–24 tunniks toatemperatuurile. Selle aja jooksul toituvad piimas leiduvad bakterid, nagu acidophilus või bifidus, laktoosist ja eritavad kõrvalsaadusena piimhapet. Kuigi need bakterid ei tarbi kogu petipiimas sisalduvat laktoosi, suudavad nad selle aja jooksul suurema osa sellest ära süüa.
Pärast seda, kui piim on jõudnud käärida, saab sellest teha kodujuustu. Kalgendatud piima keedetakse veidi, kuni kohupiim on tahenenud ja vadakust eraldunud. Sel hetkel nõrutatakse vadak ja lastakse kodujuustul jahtuda. Kodujuustus sisalduvast laktoosikogusest ei piisa tavaliselt laktoositalumatusega inimeste häirimiseks.
Suures kohupiimakodujuustus võib laktoosi olla oluliselt rohkem kui väikeses kohupiimakodujuustus. Seda seetõttu, et juust valmib kiiresti ja kalgeneb osaliselt renniini kasutamise tõttu. Piima kääritatakse vähem kui tund, mis annab bakteritele väga vähe aega laktoosi muundamiseks piimhappeks. Sel viisil valmistatud kodujuustus on laktoosi kogus tavaliselt sarnane värskes piimas leiduva kogusega.
Võimalik on osta piimatooteid, sh kodujuustu, mis on töödeldud täiesti laktoosivabaks. Nendele toodetele lisatakse laktaasi, laktoosi seedimiseks kasutatav ensüüm, et seedida laktoos enne selle söömist. Seda protsessi hoolikalt kontrollides suudavad laktoosivabade toodete tootjad tagada, et kodujuustus ei ole laktoosi üldse.