USB-viirusetõrjetarkvara on teatud tüüpi viirusetõrjetarkvara, mis aitab minimeerida pahatahtlike rünnakute võimalikkust süsteemidele mingi välise draivi või seadme kasutamise kaudu. Seda tüüpi tarkvara aitab tuvastada ja blokeerida ohte, mis võivad levida hüppekettalt leitud nakatunud failide kaudu või välisel kõvakettal. Kui nakatunud seadet saab ühendada arvutiga universaalse jadasiini või USB-kaabli abil, tuvastab tarkvara nakkuse ja astub samme selle tõkestamiseks.
USB-viirusetõrjetarkvara tegelik funktsioon sarnaneb kaitsega, mida pakuvad viirusetõrjeprogrammid, mis jälgivad kõvakettal toimuvat tegevust. Kui see on õigesti installitud, aktiveerub tarkvara iga kord, kui USB-pordi kaudu süsteemiga ühendatakse mõni kaugseade, näiteks hüppaja- või pliiatsidraiv või väline kõvaketas. Tarkvara töötab tavaliselt pärast ühenduse loomist taustal, analüüsides kõiki välisseadmest leitud faile. Kui välisseadmest leitakse arvutiviiruseid või muid ohte, näiteks nuhkvara, takistab tarkvara pahavara süsteemi sattumist ja võimalikku kõvaketta nakatamist.
Sõltuvalt USB-viirusetõrjetarkvara konfiguratsioonist võib programm automaatselt sisaldada kahtlustatavaid ohte ja lubada kasutajal need enne lõplikku eemaldamist üle vaadata. See lähenemisviis nõuab sageli nakatunud failide ja kahtlustatavate viiruste karantiini asetamist kaitsekontrolli ajal, misjärel annab kasutajale võimaluse iga kahtlustatav nakkus üle vaadata. Sealt saab kasutaja valida, kas kahtlustatavat ohtu ignoreerida ja faile kasutada või lasta tarkvaral failid puhastada ja ohud eemaldada. Muud USB-viirusetõrjetarkvaraprogrammid on seatud automaatselt värskendama ja ohte otsima ning need eemaldama, kui ja nii nagu leitakse.
Nagu igat tüüpi viirusetõrje puhul, on oluline hoida USB viirusetõrjetarkvara ajakohasena. Enamik programme võimaldab värskendusi automaatselt alla laadida, kui programm on aktiveeritud. Paljusid programme saab konfigureerida nii, et nad otsiksid uuendusi regulaarselt, näiteks iga päev teatud kellaajal. Lisaks tasulistele programmidele, mis pakuvad laiemat kaitset, on võimalik alla laadida ka tasuta USB-viirusetõrjetarkvara, mis pakub põhikaitset kodukasutajatele, kes kasutavad regulaarselt pliiatsi- ja välisdraive ning isegi laadivad alla faile sellistest seadmetest nagu digikaamerad, kasutades USB-kaablit ja porti.