Sõna “mikrofloora” viitab elusate mikroskoopiliste organismide kogumile, mis õitseb elusolendite organites. Need mikroobid, mis eksisteerivad sellistes kohtades nagu maos, neelus ja tupes, hõlmavad seeni, baktereid ja viirusi; need toimivad kaitsevahenditena, mis tugevdavad immuunsüsteemi või hävitavad ained, mis nõrgestavad organismi. Mõnes ümbruskonnas leidub mikrofloorat, mille hulka kuuluvad viirused ja ussid. Mikrofloora asukad, mida nimetatakse ka mikrobiotiks, võivad olla kas kasulikud või pahatahtlikud olenevalt sellest, kas nad on anaeroobsed või aeroobsed. Tüvisõna “floora” viitab sellele, et mikrofloora viitab lilledes elavatele mikroobidele; see sõna on siiski arenenud nii, et see tähistab peamiselt loomade sees asuvaid ökosüsteeme.
Heatahtlikke ja toitvaid mikroobe enamikus mikroflooras nimetatakse tavaliselt probiootikumideks; nad on anaeroobsed. Bifidobakterid ja laktobatsillid on paljude loomade mikroflooras kaks kõige levinumat probiootikumi. Laktobatsille tõmbab keskkond, kus on palju suhkrut ja tärklist. Nad toodavad piimhapet, mis paljude arstide sõnul toidab lihaseid lisaenergiaga; mõnes kehapiirkonnas toodavad laktobatsillid desinfitseerivat vesinikperoksiidi. Peamiselt soolestikus, tupes ja kuseteedes esinevad laktobatsillibakterid aitavad väidetavalt organismi positiivsel mikroflooral tõrjuda patogeene, mis on haigusi põhjustavad mikroobid.
Bifidobakterid, nagu laktobatsillid, elavad ka sooltes ja tupes, tekitades kaitsvat piimhapet. Need bakterid on tuntud haavandite ja kõhulahtisuse ennetamise poolest, kui neid esineb piisavalt. Samuti aitavad need väidetavalt leevendada rinnavalu, ekseemi ja grippi. Vähi, hepatiidi ja pärmseente infektsioonide vastu aitavad ka bifidobakterid.
Mikrofloora on parim, kui see on tasakaalus. Kui probiootikumide suhe on moonutatud, võivad kahjulike bakterite, nagu stafülokokid, pärmseened ja streptokokid, kõrge kontsentratsiooni tõttu tekkida infektsioonid ja haigused; ka elundid võivad lakata korralikult töötamast. Kehv toitumine, haigused ja ravimid, nagu keemiaravi, võivad hävitada head bakterid ja hävitada mikrobiota tasakaalu. Geneetika, keskkonnasaasteained ja stress võivad samuti hävitada bakterite suhte.
Selle tasakaalu taastamiseks või korrapäraseks säilitamiseks täiendavad paljud inimesed oma dieeti probiootikume sisaldavate pulbri- või kapslilisanditega. Õige annus sõltub inimesest ja heade ja halbade bakterite praegusest suhtest. Paljud kasutajad katsetavad soovitatava annuse järkjärgulist suurendamist, kuni nad märkavad infektsiooni, ärrituse või energiataseme muutust.
Kääritatud toidud nagu jogurt ja alkohol võivad sageli lisada kasulikku mikrofloorat. Rinnapiim varustab imikute mikrobiota suurel hulgal probiootikume. Heade bakterite ja halbade bakterite suhe soolestikus ja mujal kehas on tavaliselt nii väikelastel kui ka täiskasvanutel 85–15 protsenti.