On mitmeid erinevaid tavalisi hüsterektoomia kõrvaltoimeid, mida patsiendid võivad kogeda sõltuvalt vanusest, üldisest tervislikust seisundist ja operatsiooni tüübist. Naistel, kellel oli enne hüsterektoomiat veel menstruatsioon, ei ole enam menstruatsiooni ega ka rasestuda. Lapse kandmise võime kaotus võib põhjustada ka depressiooni. Menopaus võib alata kohe pärast operatsiooni või tavapärasest nooremas eas. Mitmenädalane kerge tupeverejooks on veel üks teadaolevatest hüsterektoomia kõrvaltoimetest.
Naised, kellele tehakse hüsterektoomia, kogevad mõne päeva jooksul pärast protseduuri kerget tupeverejooksu või drenaaži. Hügieenisidemeid saab kasutada igasuguse väljavoolu neelamiseks. Arsti tuleb teavitada, kui verejooks on ebatavaliselt tugev.
Menstruatsioonid lõppevad pärast hüsterektoomiat. Verejooks peatub, kuid hormonaalsed muutused, mida patsient koges menstruaaltsükli osana, jäävad alles, kui eemaldatakse ainult emakas. Kui munasarju ei eemaldata, jätkuvad enne operatsiooni kogetud hormonaalsed muutused muutumatult.
Viljatus on üks paljudest hüsterektoomia kõrvalmõjudest. Kuna hüsterektoomiaga eemaldatakse emakas ja võimalik, et ka emakakael, munajuhad ja munasarjad, ei saa patsient enam lapsi saada. Mõnel juhul võib see põhjustada depressiooni. Naised, kes soovivad rasestuda, võivad võimaluse korral kaaluda hüsterektoomia alternatiive.
Hüsterektoomia operatsiooni täiendav kõrvalmõju on menopausi algus. Patsientidel, kellel eemaldatakse emakas ja munasarjad, algab menopaus peaaegu kohe. Tüüpilisest varasem menopausi algus on siiski võimalik patsientidel, kes säilitasid oma munasarjad. Menopausi sümptomiteks on kuumahood, meeleolumuutused ja tupe kuivus.
Vähestel naistel võib esineda täiendavaid hüsterektoomia kõrvaltoimeid. Teatatud on nii kaalutõusust kui ka väsimusest ja kõhukinnisusest. Mõned patsiendid on pärast operatsiooni kogenud ka ebamugavustunnet vaagnapiirkonnas või fantoomvalusid. Uriinipidamatus on võimalik hüsterektoomia kõrvalmõju, mis avaldub tavaliselt aastakümneid pärast esialgset protseduuri.
Sõltuvalt olukorrast võib arst valida ühe mitmest hüsterektoomia operatsiooni tüübist. Osaline operatsioon eemaldab ainult emaka, samas kui täielik hüsterektoomia eemaldab nii emakakaela kui ka emaka. Täielik hüsterektoomia võib lisaks munajuhadele ja munasarjadele hõlmata ka emaka ja emakakaela eemaldamist.
Lisaks tavalistele hüsterektoomia kõrvalnähtudele on operatsioonil ka teiste meditsiiniliste protseduuridega sarnased riskid. Infektsioonid, elundikahjustused ja verehüübed on kõik hüsterektoomia operatsiooniga seotud riskid. Patsiendil on vaja mitu nädalat puhkust, ta ei tohiks taastumise ajal midagi rasket tõsta ja seksuaalsest tegevusest hoiduda.