Niiskete šokolaadimuffinite valmistamine võib osutuda keeruliseks, eriti kui kasutada kakaopulbrit, kuna see kipub muffinid tavapärasest veidi kiiremini kuivama. Mõned kõige klassikalisemad näpunäited niiskete šokolaadimuffinite loomiseks käsitlevad selliste koostisosade lisamist (nt tükeldatud suvikõrvits, porgand või tükeldatud kuivatatud puuviljad), mis hoiavad niiskust ja vabastavad selle küpsemise ajal aeglaselt taignasse. Teine idee on lisada taignale niiskeid paksendajaid, nagu jogurt, pett või hapukoor, millel kõigil on lisaeelis happelisus, nii et need toimivad soodsalt muffinites oleva kakaoga. Kasutatav rasvatüüp võib samuti aidata valmistada niiskeid šokolaadimuffineid, kuigi pekitaoline kasutamine võib lõplikus muffinis luua veidi teistsuguse tekstuuri. Kuivate muffinite vältimine sõltub suuresti sellest, et muffinid küpsevad täpselt piisavalt läbi ja eemaldatakse need tulelt enne, kui nad hakkavad kuivama ja kõvaks muutuma, mis võib rikkuda isegi kõige niiskema taigna.
Üks võimalus šokolaadimuffini sisemuse niiskena hoidmiseks on lisada koostisaine, mis on veidi märg ja eraldab taignasse küpsetamise ajal aeglaselt niiskust, tavaliselt auruna. Suvikõrvits on populaarne valik, sest see on enamasti vesi ja seda saab riivida väikesteks tükkideks, mis kaovad peaaegu täielikult muffini sisse ilma tugevat maitset lisamata. Samal eesmärgil võivad olla ka kuivatatud puuviljad, nagu aprikoosid ja rosinad. Magusa, kergelt puuviljase maitsega väga niiske muffini saamiseks võib lisada püreestatud banaane.
Populaarne viis niiskete šokolaadimuffinite valmistamiseks on lisada retseptis sisalduva rasva või muna asemel paksu vedelikku. See hõlmab tavalist või maitsestatud jogurtit, pett, hapukoort hapuka maitse saamiseks või õunakastet. Niiskus võib muffinid olenevalt koostisainetest veidi raskemaks muuta, kuid tekstuur peaks olema väga rikkalik.
Kasutatava rasva tüüp ja kogus võivad šokolaadimuffinid valmistada niisked, kuid ei pruugi nende toiteväärtust parandada. Täiendava munakollaste või lisavõi kasutamine võib muffinis muuta pehmema puru, kuigi tuleb olla ettevaatlik, sest liiga palju rasva ei lase tainal toiduvalmistamise ajal enda külge kleepuda ja see võib muffinist välja nutta. Muffinites võib kasutada vähem populaarseid rasvu, nagu seapekk või suet, et need säiliksid kauem niiskena, kuigi need võivad muuta ka tekstuuri oodatust või soovitatust nätskemaks.