Krüptosüsteem on oluline kontseptsioon olulise teabe kaitsmiseks Internetis. Igasugune ajatundlik isiklik teave edastatakse läbi nn turvalise serveri ja seejärel teave krüpteeritakse või sisestatakse koodi. Teavet saaval isikul peab olema nõuetekohane süsteem teabe dekodeerimiseks või dekrüpteerimiseks. Teavet, nagu nimed, aadressid, krediitkaardinumbrid ja sotsiaalkindlustuse numbrid, kaitstakse sageli vähemalt ühe krüptosüsteemi vormiga. Selles kontekstis kasutatakse sõna krüptosüsteem terminite krüptograafiline süsteem lühendina.
Krüptosüsteeme peetakse üldiselt parimaks valikuks olulise teabe kaitsmiseks Internetis. Ohutusprotokollid, nagu SSL, TLS ja SSH, tuginevad kõik krüptosüsteemidele ja krüptoprimitiividele, mis moodustavad nende kodeerimise aluse. Krüptosüsteemide kasutamise ohutus ei ole täiesti lollikindel, kuna on erinevad tegurid, sealhulgas kasutaja, arvuti, võrk, kuhu teavet salvestatakse, ja server, mille kaudu seda jagatakse. Paljud inimesed, kes kasutavad Internetti isiklikuks tarbeks, tunnevad turvalise serveri ära väikese lukukujulise ikooni järgi nende Interneti-brauseri akna allosas. See on hea märk sellest, et sellel konkreetsel veebilehel kasutatakse teabe privaatsena hoidmiseks krüptosüsteemi.
Enne arvutite ja Interneti tulekut kasutati sõna krüptosüsteemid teises kontekstis. Krüptograaf või keegi, kes töötab teabe varjamiseks salakoodidega, loob kolme matemaatilise algoritmi komplekti. Üks komplekt genereerib teabe, teine krüpteerib selle ja kolmas dekrüpteerib selle. Sisuliselt oleks krüptograafias kasutatav teave kaks korda “kodeeritud” ja üks kord lahti šifreeritud.
Krüptotehnikaid on lugematu arv, kuid kõige turvalisemad toetuvad krüptograafiliste primitiividena tuntud kaunistustele. Need madala taseme algoritmid on üles ehitatud ja uuesti loodud, et luua kood, mida saab murda ainult teatud arvul viisidel. Mida vähem on krüptosüsteemi lahendamise viise, seda turvalisemaks krüptograafiat peetakse.
Kuna seda mõistet kasutatakse arvutiturbe agentide ja krüptograafide seas, soovitab Interneti-turvalisuse spetsialistide jaoks populaarne väljaanne The Internet Security Glossary, et mõistet krüptosüsteem ei tohiks segaduse vältimiseks kasutada koos Interneti-turvalisusega. Selle termini kasutamise asemel soovitab Interneti-turvalisuse sõnastik kasutada termineid krüptograafiline või krüptograafia. Vaatamata väljaande soovitusele kasutavad paljud inimesed jätkuvalt sõna krüptosüsteem nii arvutipõhise kui ka arvutita koodide tähistamiseks.