Kuigi eksokriinsed ja sisesekretsiooninäärmed on mõnes mõttes sarnased, teenivad need kehas erinevaid eesmärke. Eksokriinnäärmed eritavad lima või valku kehast väljapoole, sisesekretsiooninäärmed aga hormoone verre. Eksokriinsete näärmete toodetud erinevaid aineid kasutatakse sageli erinevate süsteemide määrimiseks, keha puhastamiseks kahjulikest mikroorganismidest või kehatemperatuuri reguleerimiseks. Endokriinset sekretsiooni seevastu kasutatakse tavaliselt keha keerulises sidesüsteemis ja see võib põhjustada mitmesuguseid muutusi kehakeemias. Kuigi eksokriinseid ja endokriinseid näärmeid kasutatakse erinevates kehaprotsessides, suudavad ainult endokriinsed näärmed suhelda kehas asuvate kaugemate süsteemidega.
Üks peamisi erinevusi eksokriinsete ja endokriinsete näärmete vahel on nende asukoht kehas. Enamasti asuvad eksokriinnäärmed nahapinna lähedal või kehaõõnsustes, mis viivad keha välisküljele, nagu silmad, nina, suu või suguelundid. Seedesüsteem on koduks ka välissekretsiooninäärmetele, mida võib leida kogu selle pikkuses. Endokriinnäärmed seevastu asuvad sageli sügaval kehas. Neerude peal paiknev neerupealine ja ajus leiduv hüpofüüs on endokriinsüsteemi kaks tuntumat näärmet.
Teine erinevus eksokriinsete ja endokriinsete näärmete vahel on nende eesmärk. Paljud välissekretsiooninäärmed toodavad lima, glükoproteiinidest ja veest koosnevat limaainet, mida kasutatakse selliste organite määrimiseks nagu silmad ja söögitoru ning kahjulike ainete püüdmiseks, mis üritavad limaskestade kaudu organismi sattuda. Mõned neist näärmetest eritavad valke, mis võivad aidata seedimist. Nahapinna lähedal asuvad eksokriinnäärmed eraldavad higi – ainet, mida kasutatakse keha jahutamiseks, kui sisetemperatuur tõuseb liiga kõrgeks.
Endokriinnäärmed eritavad hormoone, mis juhivad paljusid kehas toimuvaid protsesse. Hüpofüüs vastutab kasvu ja suguküpsuse ning mitmete muude protsesside eest. Kui inimene on sattunud ohtlikku olukorda, juhendavad neerupealise sekretsioonid südant kiiremini lööma ja vererõhku tõusma, valmistudes võitluseks või ohu eest põgenemiseks. Need ja teised endokriinsüsteemi näärmed vabastavad hormoonid inimese vereringesse, saates sõnumeid, mida saab vastu võtta kogu kehas.