Vaimse alaarengu ja autismi vahel on suur erinevus. Autism ei ole vaimse alaarengu vorm, kuigi paljud autistid näivad käituvat nagu inimesed, kes kannatavad alaarengu all. Tegelikult on autistid üldiselt väga intelligentsed. Vastupidi, vaimse alaarenguga inimestel puuduvad definitsiooni järgi igapäevaseks toimetulekuks vajalikud oskused ja nende intellektuaalne võimekus on keskmisest madalam.
Austilistel inimestel on kujuteldamatud sensoorsed kogemused. Paljudel juhtudel võivad nad reageerida olukordadele tundlikult. Samuti võib neil olla raske kogetut tõlgendada. Seetõttu on tavaline, et nad väldivad teiste inimeste puudutamist. Nende ajus ei pruugi olla piisavalt aistinguid, et anda ülejäänud kehale toimuvast teada, mis lõpuks põhjustab autistliku inimese segadust.
Autismiga inimeste kuulmis- ja nägemisprobleemid on samuti erinevad. Paljud mürad, mida nad kuulevad, kahjustavad nende kõrvu, kuna nad ei suuda heli õigesti töödelda. Kui inimesed nendega räägivad, on raske aru saada, mida öeldakse. Võrreldes vaimse alaarenguga ja autismiga inimeste nägemisvõimet, on autistidel raskem eri nägusid ära tunda. Eredad tuled ja värevad sagedused muudavad objektide nägemise keeruliseks.
Vaimse alaarengu ja autismi põhjused on seotud mitme riskiteguriga. Sünnitusel või hiljem tekkinud infektsioon, näiteks meningiit, võib suurendada vaimse alaarengu tõenäosust. Seda võivad põhjustada ka kromosomaalsed kõrvalekalded ja pärilikud ainevahetushäired, nagu Tay-Sachsi tõbi. Autismi korral võib sellele kaasa aidata aju ebanormaalne areng või tuberoosskleroos. Autism on paljude häirete lõpptulemus, mis mõjutavad aju õiget kasvu.
Vaadeldes erinevusi nende kahe seisundi vahel, jagatakse vaimse alaarengu variatsioonid kolme üldkategooriasse. Inimestel võib olla kerge alaareng, mõõdukas kuni raske alaareng või sügav vaimne alaareng. Kerge alaarengu tunnused hõlmavad vaid piiratud toe vajadust ja kerget arengupeetust. Raske vaimne alaareng näitab, et inimesel on imiku või väikelapse mentaliteet, hoolimata sellest, et ta on täiskasvanueas. Sügav tase võib nõuda isiku institutsionaliseerimist.
Vaimse alaarengu ja autismi puhul on soovitatav koostada eraldi raviplaanid. Vaimse alaarenguga inimeste ravi peamine eesmärk on arendada neid maksimaalselt ära. Uudishimu puudumine ja jätkuv imikute sarnane käitumine on vaimse alaarengu tunnused. Autismi puhul ei ole peamist raviprotokolli. Uuringud on näidanud, et struktureeritud käitumisprogrammid toimivad kõige paremini autistlike inimeste jaoks.