Türoksiin ja trijodotüroniin ehk T4 ja T3 on peamised kilpnäärmehormoonid ning erinevad toodetud koguste, valmistamise viisi ja tugevuse poolest. Samuti tuleks märkida, et neil on suur sarnasus; türoksiinil on võime muutuda trijodotüroniiniks ja seda tuleks vaadelda selle eelkäijana. Lõppkokkuvõttes mõjutab enamikku keharakkudest kõige rohkem T3, kuid seda ei eksisteeriks ilma T4ta, seega on need mõlemad elutähtsad hormoonid. Teine võimalus neid kemikaale võrrelda on hinnata nende kasulikkust retseptiravimina.
Kilpnäärmehormoone toodetakse vastusena kilpnääret stimuleerivale hormoonile, mida toodetakse hüpofüüsis. Üks selge erinevus türoksiini ja trijodotüroniini vahel on selles, kui palju kumbki kilpnääre toodab. Umbes 80% kogutoodangust moodustab türoksiin ja ainult 20% trijodotüroniin.
Kuna T3 mõjutab enamikku keharakkudest, ei pruugi see tootmine tunduda ülesande jaoks piisav, eriti kuna suurem osa hormoonist seotakse valkudega ja ainult väike kogus jääb teistele keharakkudele toimima. Sellest aga piisab, sest T3 tekib ka väljaspool kilpnääret. Teatud elundites, näiteks maksas, eemaldatakse vaba türoksiini üks neljast joodiaatomist. Tulemuseks on T3 uus toodang. Selles protsessis on lihtne näha türoksiini ja trijodotüroniini seost, kuna T4 on vajalik piisava koguse T3 moodustamiseks.
Kuna see konversioon kordub pidevalt, tekib rohkem T3 ja sellel võib olla otsene mõju erinevatele kehaosadele. See aitab reguleerida kaloreid, ainevahetust, temperatuuri reguleerida ja peamiste neurotransmitterite tootmist. Õiges koguses mõjutab trijodotüroniin paljusid protsesse ning avaldab mõju füüsilisele ja vaimsele tervisele. Võrdluseks on T4 roll veidi vähem otsene, kuid sellest saab teha palju tugevam T3.
Mõnikord soovivad madala kilpnäärmeprobleemiga patsiendid erinevate türoksiini ja trijodotüroniini sisaldavate ravimite otsest võrdlust. Umbes 20. sajandi keskpaigani ei teadnud arstid, et T4-st tehti T3, ja sageli kirjutasid nad välja mõlemad hormoonid koos. Kuna trijodotüroniin on palju tugevam, võib see kergesti esile kutsuda hüpertüreoidismi. Kui kahe hormooni seos oli selgelt kindlaks tehtud, ei olnud mõtet mõlemat ravimit välja kirjutada.
Praegu kirjutavad enamik arste välja ainult türoksiini, kuna sellest valmistatakse T3. Mõnikord ei talu patsiendid türoksiini hästi ja selle asemel on ette nähtud palju väiksemate trijodotüroniini koguste väljakirjutamine. Ikka on muret selle pärast, et T3 põhjustab inimestel pärast ravimi võtmist iga päev mõne tunni jooksul hüpotüreoidismi. Samuti on mures trijodotüroniini stabiilsuse pärast pillide kujul ja paljudel juhtudel eelistavad arstid välja kirjutada türoksiini.