Erinevus nuhkvara- ja viirusetõrjetarkvara vahel võib suurel määral sõltuda konkreetsest kõnealusest tarkvarast ning sellest, kuidas need on kavandatud ja arendatud. Nuhkvaratõrjeprogrammid on tavaliselt loodud spetsiaalselt arvutist nuhkvara leidmiseks ja selle eemaldamiseks. See on üsna sarnane viirusetõrjeprogrammidega, mis on välja töötatud viiruste leidmiseks ja eemaldamiseks või isoleerimiseks arvutis. Kuigi nii nuhkvara- kui ka viirusetõrjetarkvara on loodud pahatahtliku tarkvara eemaldamiseks, võivad neil seda tüüpi programmide leidmiseks olla erinevad ressursid, sealhulgas erinevate signatuuride andmebaas, millele igat tüüpi programmid pääsevad juurde.
Olenevalt kõnealuse tarkvara tüübist võivad nuhkvara- ja viirusetõrjetarkvara erinevused olla väikesed või olematud. Nuhkvaratõrjeprogrammid on välja töötatud selleks, et leida arvutist nuhkvara ja seejärel see eemaldada, nii et see ei kujutaks arvutikasutajale enam ohtu. Nuhkvara viitab tavaliselt programmidele, mis võivad sattuda arvutisse ja mis seejärel erinevatel põhjustel tegevusi jälgivad. See võib hõlmata klahvilogijaid, mis jälgivad kasutaja tehtud klahvivajutusi ja saadavad seejärel kellelegi teisele nende löökide kirje.
Nuhkvara- ja viirusetõrjetarkvara kasutamine on tavaliselt mõeldud seda tüüpi ohtude leidmiseks ja eemaldamiseks. Täpsemalt on nuhkvaratõrjetarkvara võimeline otsima arvutist nuhkvaraprogramme. Seda tehakse sageli nuhkvarasignatuuride andmebaasi abil, millega võrreldakse skannimise ajal arvutis olevaid programme. Kui vaste leitakse, märgitakse nuhkvara programmi või arvutikasutaja poolt eemaldamiseks.
Viirusetõrjeprogramm otsib tavaliselt arvutist viiruseid, mis on arvutisse installitud programmid, mis põhjustavad paljusid probleeme. See võib ulatuda draivi teabe kustutamisest kuni süsteemi ülekuumenemiseni ja arvutikomponentide füüsilise kahjustamiseni. Viirusetõrjeprogrammid kasutavad tavaliselt samu meetodeid, mida kasutab nuhkvaratõrjetarkvara, kuigi need võivad lubada keerulised programmid karantiini panna, mitte lihtsalt kustutada.
Peamine erinevus nuhkvaratõrje ja viirusetõrjetarkvara vahel on andmebaasi tüüp, millele iga programm juurde pääseb. Nuhkvaratõrjeprogrammidel on tavaliselt viiteks kasutatud erinevate nuhkvarasignatuuride kirje, viirusetõrjeprogrammidel aga hoopis viiruste signatuurid. Paljud terviklikud programmid pakuvad kasutajatele pahatahtliku tarkvaraga tegelemiseks mitmeid tööriistu, kombineerides sageli nii nuhkvara- kui viirusetõrjetarkvara. Need programmid pääsevad tavaliselt juurde suurele andmebaasile, mis sisaldab mitut tüüpi pahavara allkirju, ja pakuvad seejärel kasutajale leitud ohtudega toimetulemiseks sobivaid tööriistu.