Nii nuhkvara kui ka viirused kahjustavad arvutitarkvara või pahavarana tuntud faile, kuid need levivad erinevalt. Arvuti nuhkvara ja viiruse oluline erinevus seisneb selles, et nuhkvara luurab arvutitegevust, saates sageli teavet kasutaja kohta kolmandale osapoolele, viirus aga mitte. Teine oluline erinevus seisneb selles, et erinevalt nuhkvarast teeb viirus sageli endast koopiaid ja üritab kasutada ühte arvutit viiruse levitamiseks teistele. Kuigi mõlemad võivad arvuti tööd negatiivselt mõjutada, püüab nuhkvara harva süsteemi kahjustada, samas kui viirused põhjustavad sageli palju püsivamat kahju.
Nuhkvara ja viirus laaditakse tavaliselt arvutisse ilma kasutaja teadmata ja käivitatakse ilma kasutaja teadmata või nõusolekuta. Nuhkvara tüüpiline tarneviis on komplektis teiste failide või programmidega, mille arvutikasutaja otsustab alla laadida. Nuhkvara hiilib kasutaja süsteemi koos soovitud materjaliga. Viirused levivad aga enamasti e-kirjade manusena või kiirsõnumite kaudu, kuigi need võivad peituda ka allalaaditud materjalis.
Kuigi need mõlemad võivad arvutit kahjustada, peitub veel üks erinevus nuhkvara ja viiruse vahel pahavara peamises eesmärgis. Nuhkvara on loodud arvutikasutaja tegevuste salvestamiseks ja selle teabe edastamiseks kolmandale osapoolele. See suudab jälgida inimese arvutikasutusharjumusi ja edastada teavet reklaamijatele ja teistele. Teine, ohtlikum kasutusviis võib varastada privaatset teavet (nt e-posti aadresse, paroole, krediitkaardinumbreid ja muid olulisi isikuandmeid) ning edastada need häkkerile või identiteedivargale.
Viiruse peamine eesmärk on ennast kopeerida ja levitada. Sageli kordab see ennast mitu korda, kulutades seeläbi arvuti ressursse ja põhjustades süsteemi tõrke. Teine levinud viirusetaktika on pääseda ligi arvutikasutaja e-posti aadressiraamatusse ja saata endast kõikidele aadressidele koopiad. Samuti võib see proovida kasutada muid edastusmeetodeid, kui üks arvuti suhtleb teisega, näiteks failijagamisteenuste ja kiirsõnumite kaudu. Nuhkvara ei tee endast koopiaid ega edasta end nakatunud süsteemi kasutavatesse arvutitesse.
Teine erinevus nuhkvara ja viiruse vahel on selle autori kavatsused. Nuhkvara autor soovib tavaliselt koguda teavet, mida kasutatakse erinevatel eesmärkidel. Nuhkvara vajab selle saavutamiseks operatsioonisüsteemi, nii et see kahjustab arvutit harva, kuigi kasutab arvuti ressursse ja võib selle töö aeglasemaks muuta. Viirused on sageli kirjutatud hävitavamate kavatsustega ja muudavad arvutisüsteemid ja võrgud sageli kasutuskõlbmatuks. Pärast ise levikut põhjustavad viirused sageli püsivaid kahjustusi operatsioonisüsteemile ja riistvarale.