Erinevus lõputöö ja väitekirja vahel on suuresti kontekstuaalne ja lõppkokkuvõttes võivad need olla kaks üsna erinevat ideed või sama mõiste sünonüümid. Kuigi tähendused võivad piirkonniti ja isegi erinevates klassiruumides erineda, kasutatakse ühte tavaliselt bakalaureuse- või magistriõppekava jaoks tehtud kirjutisele või tööle viitamiseks ja teist kasutatakse viitamiseks tööle, mille eesmärk on doktorikraad. Lõputöö ja väitekirja eristamise probleem seisneb aga selles, et mõnes valdkonnas viitab üks termin bakalaureusetööle ja teine termin doktoritööle ning teistes valdkondades on need vastupidised.
Lõputöö ja väitekirja erinevuse kaalumisel võib sageli olla abi erinevate piirkondade ja haridustasemete uurimisest. Suures osas Ameerika Ühendriikidest (USA) viitab termin “lõputöö” tavaliselt pikale tööle bakalaureuseõppe programmi või magistrikraadi jaoks, samas kui “väitekiri” viitab sageli tööle doktoriõppes. Üsna ulatusliku kirjutise kirjeldamiseks kasutatakse terminit “lõputöö” sageli sünonüümina teiste mõistetega, nagu “essee” ja “paber”. Lõputöö võib olla ka essee või kirjutise üks aspekt, mis põhimõtteliselt väljendab kirjaliku töö keskset kontseptsiooni.
Mõnes kolledžis ja ülikoolis on lõputöö ja väitekirja erinevus tavaliselt selgelt näidatud, kuna terminit “väitekiri” kasutatakse sageli ainult doktoritöö viitamiseks, mis on koostatud kraadi, näiteks filosoofiadoktori kraadi (PhD) lõpetamiseks. See on tavaliselt väga pikk töö, mille valmimine võtab sageli mitu aastat ja on õpilase ülim haridustöö ning annab tavaliselt õppevaldkonda tähelepanuväärse panuse. Kui lõputöö ja väitekirja vaheline piir muutub sageli vähem selgeks, on see, et mõned koolid muudavad need terminid tegelikult ümber ja viitavad “doktoritööle” ja “väitekirjade” madalamatele tasemetele.
Teistes piirkondades, nagu Ühendkuningriik (Ühendkuningriik), seostatakse väitekirja tavaliselt doktoritööga ja “väitekiri” viitab tavaliselt madalama tasemega tööle. Jällegi võivad mõned koolid või juhendajad neid kahte terminit vahetada. Tihti on lõputöö ja lõputöö tähendusi kõige lihtsam selgeks teha terminite kasutuskonteksti arvestades. Sageli kasutavad inimesed võimaliku segaduse kõrvaldamiseks ka indikaatorit, nagu “magistritöö” ja “doktoritöö”. Neid kahte terminit võib pidada ka sünonüümiks ja kasutada vaheldumisi sama asja viitamiseks isegi ühes kontekstis.