Kuigi juurkomplekt ja viirus on mõlemad ründetarkvara või pahavara tüübid, kasutatakse neid tavaliselt arvutirünnakus erinevate eesmärkide saavutamiseks. Juurkomplekt installitakse tavaliselt arvutisüsteemi, et võimaldada volitamata kasutajal jätkata juurdepääsu sellele süsteemile või varjata muud tüüpi pahavara olemasolu ja tegevusi. Viirused seevastu on pahavara tüübid, mis on tavaliselt mõeldud arvutisüsteemi ründamiseks väga spetsiifilisel viisil ja konkreetse eesmärgi saavutamiseks.
Hoolimata asjaolust, et juurkomplekt ja viirus on mõlemad pahavara vormid, kasutatakse neid erinevate ülesannete täitmiseks. Rootkit on pahatahtlik programm, mille saab installida arvutisse operatsioonisüsteemi (OS) erinevatel tasemetel ja seejärel maskeerida muid tegevusi. Seda tüüpi programmid nakatavad tavaliselt arvuti OS-i juure, sellest ka nime, võimaldades selle süsteemiga teha muid toiminguid, mis on seejärel juurkomplekti poolt peidetud. Juurkomplekti kasutatakse sageli arvutisüsteemi tagaukse sisenemispunkti loomiseks, et volitamata kasutaja saaks tulevikus sellele süsteemile juurde pääseda, või seda võidakse kasutada viiruse või muud tüüpi pahavara nakatumise varjamiseks.
Peamine erinevus juurkomplekti ja viiruse vahel seisneb selles, et viirus tavaliselt ei varja teiste programmide tegevusi ega võimalda juurdepääsu süsteemile. Viirus töötatakse tavaliselt välja teatud efekti saavutamiseks, sageli teatud arvutisüsteemi vastu rünnates. Kuigi viirus võib arvutisüsteemis üsna uinuda ja jääda varjatuks, kuni konkreetne sündmus viiruse aktiveerib, luuakse see tavaliselt selleks, et käivitada väga spetsiifiline rünnak süsteemi vastu, mida see nakatab.
Samuti on mõned suured erinevused selles, kuidas juurkomplekti ja viirust arvutisüsteemist või OS-ist eemaldada. Viirusi saab sageli leida ja eemaldada viirusetõrjeprogrammi kasutaja kaudu, kuigi väga uued viirused võivad mõnda aega avastada. Juurkomplekti võib aga olla väga raske leida, tavaliselt hõlmab see väga keerulisi turbeprotseduure ja seda on peaaegu võimatu eemaldada. Arvuti juurkomplekti eemaldamiseks võib olla vaja arvuti kõvaketas täielikult kustutada ja OS uuesti installida. Lõppkokkuvõttes võivad aga nii juurkomplekt kui viirus arvutile väga hävitavalt mõjuda ning iga arvutikasutaja peaks tegema jõupingutusi igasuguse pahavara vältimiseks.