Arvutimaailmas on terminid “rootkit” ja “pahavara” muutunud paljude inimeste sünonüümiks. Kõigile juurkomplektidele ründevarana märgistamine oleks siiski viga. Kuigi on tõsi, et juurkomplekt ja pahavaratarkvara liiguvad paljudes samades ringkondades ja paljud juurkomplektid on pahavara, kasutatakse mõnda juurkomplekti ka kasulikel eesmärkidel, mis võib olla nende peamine erinevus.
Juurkomplektid ja pahavara erinevad selle poolest, et juurkomplektid on võimelised pääsema ligi arvutisüsteemi juurtele, tegemata end kasutajaliidese kaudu märgatavaks. Turvatarkvara saab neid kasutada pahatahtlike kasutajate rünnakute ärahoidmiseks ja käimasolevate rünnakute tuvastamiseks. Juurkomplekte saab kasutada ka arvuti funktsioonide kiirendamiseks, võimaldades programmidel taustal töötada ilma kasutaja sekkumiseta.
Mõnel juhul saab juurkomplekte kasutada ka arvutisüsteemide varguse eest kaitsmiseks. Kui see konkreetne juurkomplekti tüüp on installitud, kontrollib arvuti perioodiliselt koduserverit ja edastab teavet selle praeguse asukoha kohta. Kui arvuti kunagi varastatakse ja seejärel Internetti ühendatakse, helistab juurkomplekt sisuliselt koju ja teatab masina asukohast ning varastatud süsteemi saab taastada või lukustada, et vältida varga juurdepääsu.
Mõned juurkomplektid installib ka tegelik arvutikasutaja enda huvides. Mängupettused ja emulatsioonitarkvara on seda tüüpi juurkomplekti tarkvara tavalised näited. Seda tüüpi juurkomplekti tarkvara kasutades saab kasutaja parandada oma võrgumängukogemust või emuleerida muid süsteemitüüpe ja mööda minna autoriõiguse kaitsest.
Pahatahtlikud isikud kasutavad pahavara operatsioonisüsteemi turvaseadete õõnestamiseks ja kaugarvutile juurdepääsu saamiseks. Kui neil inimestel on juurdepääs kaugsüsteemile, on neil võimalik pääseda juurde privaatfailidele, mis sisaldavad teavet, näiteks krediitkaarte, pangateavet või paroole. Pahavara saab kasutada ka süsteemifailide hävitamiseks, andmete kustutamiseks või kaugarvuti zombiks muutmiseks, masinaks, mida kasutatakse siis teiste arvutisüsteemide nakatamiseks või teenuse keelamise rünnakutes osalemiseks.
Kui juurkomplekti ja pahavara tarkvara kombineerida paketina, suudab pahavara peituda sügavale arvutisüsteemi juurtes. Need programmid saavad süsteemile täieliku juurdepääsu saamiseks hankida juurjuurdepääsu ja käivitada programme privilegeeritud arvutijuurdepääsu sätetes. Selle juurdepääsutasemega saavad juurkomplekt ja pahavara varastada olulisi andmeid ja saata need kaugkasutajale. See muudab juurkomplekti ja pahavara kombinatsioonid üheks kõige ohtlikumaks pahavara vormiks Internetis.