Hüpofüüsi eesmise ja tagumise osa olulised erinevused algavad embrüo iga osa moodustumisega. Hüpofüüsi tagumine osa moodustub areneva hüpotalamuse neuronitest, mis moodustuvad inimese aju põhjas, hüpofüüsi eesmine aga nahakoest, mis pärineb suuõõnest. Hüpofüüsi eesmisest osast saab endokriinne näär, mis toodab ja sekreteerib keha jaoks hormoone ning ühendub hüpofüüsi tagaosaga, kui see on täielikult moodustunud. Samal ajal jääb hüpofüüsi tagumine osa hüpotalamusega seotuks, toimides hüpotalamuses toodetud hormoonide hoidlana ja saades sealt sõnumeid, mis reguleerivad hormoonide vabanemist hüpofüüsi eesmisse ossa ja selle kaudu. Kuigi hüpofüüsi eesmine ja tagumine organ teevad hormoonide reguleerimiseks tihedat koostööd, on need füsioloogias ja funktsioonis sisuliselt kaks erinevat organit.
Hüpofüüsi meditsiiniline termin on hüpofüüs. See koosneb adenohüpofüüsist ehk eesmisest sagarast ja neurohüpofüüsist ehk tagumisest osast. Mõlemat juhivad otse hüpotalamusest pärinevad neuronid ja aksonite sõnumiteed ning neil on hüpotalamusega lokaalne veresoonte võrgustik. See arterite, veenide ja kapillaaride võrgustik ühendub keha vereringega ja transpordib hormoone teistesse endokriinsetesse organitesse, nagu kilpnääre, munasarjad, neerupealised ja muud näärmed. Need näärmed saadavad ka hüpofüüsi tagumisse ossa tagasisidesignaale, mis reguleerivad hormoonide vabanemist vastavalt keha vajadustele.
Hüpofüüsi eesmises osas arenenud hormoonid reguleerivad kasvu, paljunemise ja ainevahetusega seotud füsioloogilisi protsesse. Näiteks eritab see hormoone, kui saab hüpotalamusest signaali kasvuhormoonide luudesse toimetamiseks; või kui teisest kehaosast vabaneb oksütotsiin, mis stimuleerib hüpofüüsi eesmist osa hormoone vabastama, et stimuleerida rinnaga toitvatel emadel piimanäärmete kokkutõmbeid. Hüpofüüsi eesmises osas saadetakse adrenokortikotroopne hormoon (ACTH) neerupealistesse, et stimuleerida glükokortikoidide tootmist, et reageerida stressireaktsioonidele või hirmule. Endorfiinide vabanemine loob heaolutunde, et tasakaalustada valu või ohusignaale, mis käivitavad adrenaliini vabanemise.
Hüpofüüsi tagumine osa, erinevalt eesmisest, ei ole nääre; see organ on veresoonte võrgustiku ja närviteede kogum hüpotalamusest hüpofüüsi eesmisse osasse. See ei tooda hormoone; pigem talletab see neid hüpotalamuse jaoks, mis võib neid sekreteerida, kui antakse märku, et nad töötavad koos teiste hüpofüüsi eesmise hormoonidega. Tagumises hoidikust võivad hüpotalamuse signaali kaudu vabaneda vasopressiini hormoonid, mis reguleerivad veepeetust neerudes või võivad tõsta vererõhku.
Suure võimsusega elektronmikroskoobiga on füsioloogilised erinevused hüpofüüsi eesmise ja tagumise osa rakkude vahel kergesti nähtavad. Eesmise rakud on selgelt endokriinsed rakud ja tagumise osa rakud on selgelt närvirakud. Hüpofüüsi eesmise ja tagumise osa juhtelemendid näitavad ka, et hüpofüüsi eesmist osa kontrollivad hüpotalamusest vere kaudu levivad vabanemisfaktorid, samas kui närvisignaalid kontrollivad hüpofüüsi tagumist osa.