Ees- ja keskaju vahel on paar olulist erinevust, kuigi nende asukoht, suurus ja funktsionaalsus kipuvad olema suurimad ja enim arutatud. Põhianatoomia poolest asub eesaju kõige ees, nagu selle nimigi viitab; keskaju paikneb omakorda tsentraalsemalt piki aju keskjoont. Ka eesaju on palju suurem, ehkki selle põhjuseks on võib-olla funktsionaalsete ülesannete ja kohustuste tugevam loetelu. Üldiselt vastutab eesaju selliste funktsioonide eest nagu intelligentsus, mälu ja vabatahtlik liikumine. Keskaju tegeleb peamiselt aju ja seljaaju vahelise suhtluse koordineerimisega. Muidugi on ka mitmeid kattumisi. Mõlemad on kesknärvisüsteemi olulised osad ja jagavad sageli signaali- ja edastamisfunktsioone.
Aju anatoomia üldiselt
Aju on vaieldamatult inimkeha kõige keerulisem organ ja seda ei väida isegi kõige eliitsemad teadlased ega õpetlased täielikult mõistvat ega mõistvat. Lisaks kahele poolkerale sisaldab aju ka mitmeid sektsioone, mis on rühmitatud nii nende füüsiliste omaduste ja loomuliku jagunemise kui ka selle põhjal, mida teadlased on oma peamiste funktsioonidena määratlenud.
Aju kolmest peamisest osast kaks on eesaju ja keskaju ning kolmas on tagaaju. Eesaju on kolmest sektsioonist suurim ja keskaju väikseim. Eesaju ja üldse aju põhiosa moodustab suuraju, mis jaguneb kaheks poolkeraks ja sisaldab ka nelja ajusagarat. Lisaks koosneb eesaju ka sügavamatest struktuuridest nagu hüpotalamus ja amygdala. Keskaju seevastu on sellega võrreldes väga väike ja asub ajutüve ülaosas, eesaju all.
Suuruse erinevused
Üks ilmsemaid erinevusi peale asukoha on suurus. Eesaju, kui suurim, koosneb suuremast hulgast struktuuridest. Kuna kõik eesaju struktuurid täidavad konkreetseid funktsioone, mis koos moodustavad selle, mille eest eesaju vastutab, täidab keskaju võrreldes sellega vähem. See aga ei tähenda, et keskaju oleks kuidagi vähem oluline. Selle funktsioonid on väiksema suurusega korrelatsioonis vähem, kuid enamasti ei korrata siin tehtud ülesandeid mujal.
Funktsionaalsus
Keskaju funktsiooni aju ja seljaaju vahelise suhtluse soodustamisel muudab selle asukoht lihtsamaks, kuna see on ajutüve osa. Kui keskaju asub ajutüve ülaosas, siis seljaaju ülemine osa on allosas. Nende kahe vahel asuvad sill ja medulla. Ajutüve tipuna ühendab keskaju ajutüve eesajuga. Keskaju täidab muid funktsioone peale side edastamise; see kontrollib ka mõningaid reflekse ja aitab kontrollida ka tahtlikke liigutusi.
Sarnasused ja kattumised
Enamikul juhtudel töötavad kõik ajuosad koos ja see kehtib kindlasti ees- ja keskaju puhul. Sageli arvatakse, et need kaks sõltuvad enam-vähem üksteisest ning vigastused või ühe osa kahjustused mõjutavad sageli ka teist. Mõnikord, eriti noortel, saab ühe piirkonna funktsioone ümber suunata ja tegelikult teostada teine. Üldiselt aga toetuvad eesaju ja keskaju teineteisele ning vajavad teineteist seljaajuga suhtlemiseks.