Biodiisli ja biokütuse erinevus seisneb selles, et üks on kütus ja teine kategooria: biodiislikütus on üks biokütuse vorme. Biokütused on kütused, mis on valmistatud muudest komponentidest peale naftatoodete, nagu alkohol, metanool, soja ja paljud teised; biodiisel on valmistatud taimeõlidest. Sellesse kategooriasse kuulub palju erinevaid kütuseid, alates küttepuudest kuni inim- ja loomsete jäätmete ning prügilate suitsudeni.
Kuna naftapõhiste kütuste hinnad tõusevad üha kõrgemale ja maailm on teadlik keskkonnasäästlikumale eluviisile kaldudes, räägitakse üha rohkem biodiislist ja muudest biokütustest. Nende terminite ümber on aga endiselt palju segadust. Kui biodiislikütus on suhteliselt uus mõiste, siis biokütust on inimesed kasutanud sellest ajast peale, kui varajased koopaelanikud õppisid toitu valmistama ja oma koopaid lahtise tulega soojendama. Biokütust saab kõige paremini tuvastada kui kütust, mis on valmistatud lagunevast bioloogilisest materjalist, näiteks puidust või prügist, või loomsest ja taimerasvast.
Kuigi biodiislikütus ja biokütus võivad aidata mõnel riigil oma sõltuvust naftast vähendada, ei ole sellised tooted nagu E-85 bensiin biokütused. See toode sisaldab lisaks etanoolipõhisele kütusele 15% naftabensiini, mis jätab selle sellest kategooriast välja. Ühesõnaga, fossiilkütused on tehniliselt biokütused, kuna need on valmistatud taimedest ja loomadest, kes surid ja lagunesid miljonite aastate jooksul. Peamine erinevus seisneb selles, et biokütused on taastuvad, kuid fossiilsed kütused mitte.
Enamikul juhtudel toodavad biokütused rohkem energiat, kui nende valmistamiseks vaja läheb. See muudab need suurepäraseks taastuvenergia allikaks, mida saab täielikult toota ühes riigis kohalike põllumeeste kasvatatud põllukultuuridest ja loomadest. Ökoloogilisest seisukohast paisatakse biodiisli ja teiste biokütuste põletamisel atmosfääri diislikütusega võrreldes keskmiselt 70% vähem süsinikdioksiidi heitkoguseid.