Aspergeri ja autismi erinevuste osas valitseb suur segadus. Näib, et isegi meditsiinitöötajatel on raskusi nende kahe tingimuse vahelise selge piiri kindlaksmääramisega. Sageli taandub see inimeste kategoriseerimisele nende konkreetsete tunnuste järgi, näiteks kuidas nad keelt kasutavad. Siiski on mõned inimesed, kes väidavad, et Asperger ja autism on tegelikult sama seisund ja mõlemad peaksid kuuluma autismi alla.
Aspergeri tõve ja autismi erinevuste (või nende puudumise) kindlakstegemisel on oluline mõista levivaid arenguhäireid (PDD). PDD-d on neurobioloogilised häired, mis hõlmavad mitmesuguseid haigusseisundeid, sealhulgas Aspergeri tõbe ja autismi. PDDS-i iseloomustab palju hilinenud või oluliselt puudulikud sotsiaalsed ja keeleoskused. PDD-ga inimesel on tavaliselt probleeme teistega suhtlemisel ja keele mõistmisel. Sageli ignoreerivad nende seisunditega inimesed näoilmeid või ei mõista neid ja nad ei pruugi luua silmsidet, nagu enamik inimesi sotsiaalsetes olukordades eeldab.
Autism on PDD-deks klassifitseeritud seisunditest kõige tuntum. Autistid näevad välja nagu kõik teised. Just nende käitumine on erinev ning nad näivad endassetõmbunud ja seisavad sageli muutustele vastu. Nad kipuvad panema jonni, värisema, lehvitama või liigutama oma keha veidral viisil ning naerma või nutma ilma põhjuseta.
Autismiga inimesed võivad mängida viisil, mida ta pidas veidralt, ja neil võib olla teatud objektide suhtes obsessiivne kiindumus. Nad võivad käituda nagu kurdid, ignoreerida verbaalseid vihjeid, korrata teatud sõnu ikka ja jälle või olla täiesti mitteverbaalsed. Verbaalsete inimeste puhul on sageli ilmne, et nad ei suuda vestlust alustada.
Aspergeri sündroomi peetakse sageli autismi spektriks. Aspergeri tõvega inimesel võib esineda veider või ebanormaalne verbaalne suhtlemisoskus. Samuti võib ta vältida suhteid eakaaslastega, tal puudub huvi teiste vastu, ta ei suuda taastada emotsionaalseid tundeid, moodustada huvipakkuvate subjektidega obsessiivseid kiindumusi ja käituda korduvalt. Ta võib ilmutada korduvaid liigutusi, nagu lehvitamine või keerdumine. Huvitav on see, et Aspergeri tõvega inimestel ei esine tavaliselt keele- ega kognitiivse arengu viivitusi ning nad on sageli oma keskkonna suhtes väga uudishimulikud.
Oluline on märkida, et mitte kõigil Aspergeri ja autismi põdevatel inimestel puudub võime normaalselt funktsioneerida. Mõnda peetakse väga toimivaks ja nad on võimelised enda eest hoolitsema ja sotsiaalselt suhtlema. Neid inimesi peetakse aga tavaliselt veidrateks või ekstsentrilisteks, kuna neil on ikka veel käitumine, mis ei lähe kokku sellega, mida enamik inimesi normaalseks peab.
Kuna Aspergeri tõbe ja autismi peetakse nii sarnasteks, tõmbavad mõned inimesed keele arengu ja sotsiaalse teadlikkuse osas piiri nende kahe vahele. Näib, et Aspergeri sündroomiga inimestel on tavaliselt normaalsem keeleline areng, kuigi paljudel on endiselt häiritud keele- ja suhtlusoskused. Aspergeri tõvega inimesed kipuvad olema ka sotsiaalsest suhtlusest rohkem huvitatud ja teadlikumad kui autismiga inimesed. Sotsiaalseid oskusi tuleb aga õpetada ja isegi harjutada, sest üldiselt ei tule need selle sündroomiga inimestele loomulikuks.