Baktereid võib jagada aeroobideks ja anaeroobideks. Peamine erinevus nende kahe vahel on asjaolu, et aeroobsed bakterid vajavad elus püsimiseks hapnikku, samas kui anaeroobsed bakterid ei sõltu hapnikust metaboolsete protsesside ja ellujäämise jaoks. Kuigi aeroobid suudavad areneda elupaikades, kus on palju hapnikku, võivad anaeroobid hapniku juuresolekul surra. Seda tüüpi bakteritel on hapnikuga kokku puutumata kehapiirkondades kasvueelis ja nad võivad muutuda virulentseteks patogeenideks. Kehainfektsioonide ravis on oluline erinevus aeroobide ja anaeroobide hapniku kasutamise võimes.
Bakterite klassifitseerimine võib põhineda mitte ainult sellel, kas nad vajavad hapnikku või mitte, vaid ka sellel, kuidas nad seda kasutavad. Kohustuslikud aeroobid on mikroorganismid, mis vajavad ellujäämiseks hapnikku ja surevad selle puudumisel. Näiteks on bakter Bacillus anthracis. Kohustuslikud anaeroobid on organismid, mis surevad hapnikuga kokkupuutel, nagu Clostridium tetani ja Clostridium botulinum, mis põhjustavad vastavalt teetanust ja botulismi.
Fakultatiivsed anaeroobid võivad elada hapniku juuresolekul või puudumisel, kuid eelistavad kasutada hapnikku. Seda tüüpi näiteks on Escherichia coli (E. coli) ja Staphylococcus või lihtsalt stafülokokk. E. coli alatüübid, nagu O157:H7, põhjustavad hemorraagilist kõhulahtisust, samal ajal kui stafülokokk on tuntud nahainfektsioonide, nagu keeb, follikuliit ja impetiigo, põhjustaja. Kui sügav naharebestus nakatub stafülokokkidega, võib tekkida raskem infektsioonivorm, mida nimetatakse tselluliidiks.
Ülejäänud kaks klassifikatsiooni on mikroaerofiilsed bakterid ja aerotolerantsed bakterid. Mikroaerofiilid võivad elada elupaikades, mille hapnikusisaldus on atmosfääriga võrreldes madalam. Mikroaerofiilide hulka kuuluvad näiteks peptilisi haavandeid põhjustav Helicobacter pylori ja Lyme’i tõbe põhjustav Borrelia burgdorferi.
Aerotolerantsetest anaeroobsetest bakteritest ei ole hapnikku mingit kasu, kuid selle olemasolu ei mõjuta neid negatiivselt. Näiteks on perekond Lactobacillus, mida tavaliselt leidub soolestikus, nahas ja tupes. Kui Lactobacillus’e populatsioonid tupes ammenduvad, paljunevad sellised bakterid nagu Gardnerella vaginalis ja Bacteroides, mis põhjustab bakteriaalse vaginoosi.
Baktereid kasvatatakse mikrobioloogialaboris, et anda nende identiteedist oluline vihje. Eelkõige võib katseklaasis kasvatamisel dokumenteerida järgmised tähelepanekud. Kohustuslikud aeroobid kogunevad söötme pinnale, et maksimeerida hapniku imendumist, samas kui kohustuslikud anaeroobid kogunevad põhja, et hoida hapnikust eemal. Fakultatiivsed bakterid kogunevad ülaosa lähedale, mikroaerofiilid aga ülemise osa lähedale, kuid mitte pinnale. Aerotolerantsed anaeroobid on ühtlaselt jaotunud piki söötme sügavust.
Bakteriaalsete infektsioonide ravis on oluline kindlaks teha, kas bakter on aeroobne või anaeroobne. Anaeroobsete bakterite põhjustatud infektsioonide ravi on sageli keerulisem, kuna need on tavaliste antibiootikumide suhtes resistentsed. Näiteks bakterite, nagu Bacillus fragilis, ravi hõlmab tavaliselt kombineeritud antibiootikume, nagu piperatsilliin/tasobaktaam, imipeneem/tsilastatiin, amoksitsilliin/klavulanaat ja metronidasool pluss tsiprofloksatsiin või gentamütsiin.